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焦磷酸测序检测TERT启动子突变方法的建立及其在脑胶质瘤中的应用: 2023年; 目的建立端粒酶反转录酶(TERT)启动子突变的焦磷酸测序方法,验证其用于脑胶质瘤的可行性。方法以TERT启动子野生型和突变型质粒为参考标准品,混和为待测核酸样本(预设突变率分别为0%、5%、10%、25%、50%和100%);采用焦磷酸测序方法进行检测,以3次检测均值作为检测突变率。采用Pearson相关分析法进行检测突变率与预设突变率的相关性分析。收集2020年4—6月由北京市神经外科研究所分子病理室诊断为脑胶质瘤的120例患者的甲醛固定石蜡包埋(FFPE)切片样本;其中40例经二代测序检测,TERT启动子野生型17例,C228T突变型19例,C250T突变型4例。对120例样本进行扩增和焦磷酸测序,检测TERT启动子突变情况;计算不同病理类型脑胶质瘤患者中TERT启动子突变率,即突变型/(野生型+突变型)。采用Kappa一致性检验法比较40例样本的焦磷酸测序结果与二代测序结果。结果TERT启动子标准品检测结果显示,碱基检测峰的位置及峰高清晰,碱基单峰信号值均超过30;相关性分析结果显示,C228T和C250T的检测突变率与样本预设突变率呈线性正相关(Y=0.843X+22.317,r^(2)=0.80,P=0.010)。脑胶质瘤FFPE样本的焦磷酸测序检测结果显示,120例样本中,65例为TERT启动子野生型,55例为TERT启动子突变型;突变型中,以C228T突变为主43例,C250T突变12例。星形细胞瘤,IDH突变型患者中,TERT启动子的突变率为6.7%(2/30);少突胶质细胞瘤,IDH突变伴1p/19q联合缺失患者中,TERT启动子的突变率为91.3%(21/23);胶质母细胞瘤,IDH野生型患者中,TERT启动子的突变率为47.8%(32/67)。焦磷酸测序法与二代测序法检测TERT启动子突变的一致性好(39/40,Kappa值为0.96,P<0.001)。结论采用焦磷酸测序平台检测法判断脑胶质瘤标本TERT启动子突变状态具有可行性,与二代测序法检测结果的一致性好。; 李敬军柴睿超李昕芳刘玉清; 关键词：焦磷酸测序

基于焦磷酸测序技术的不同淫羊藿基原混合药材粉末鉴定: 2023年; 《中华人民共和国药典》中收载多基原药材较多,其不同来源的药材混合使用现象较为普遍,对临床用药的稳定性具有一定影响。本研究采用焦磷酸测序技术,从常用DNA条形码序列中筛选物种特异性单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,建立一种快速准确的辨别淫羊藿混合药材粉末中基原种的分子鉴定方法。通过多序列比对分析发现ITS序列第176位(C/T)和196位处(A/G)变异、matK序列第123位处(C/G)变异以及rbcL序列第892位处(A/C)变异可分别作为鉴别箭叶淫羊藿、朝鲜淫羊藿、淫羊藿及柔毛淫羊藿的特有SNP位点。本研究从灵敏性和稳定性两个方面考察了焦磷酸测序和Sanger测序方法在混合样品测序中的适用性。焦磷酸测序方法对混合样品中低含量样品的检测灵敏度高于Sanger测序方法。稳定性考察发现,焦磷酸测序技术对高温95℃水浴45 min后的模板DNA扩增产物仍可获得有效测序结果,而Sanger测序方法的临界点为30 min。本研究开发了一种新的基于焦磷酸测序和特异性SNP位点的淫羊藿混合粉末基原物种鉴定技术,可对淫羊藿药材的混合使用进行快速准确鉴定,灵敏性和稳定性高,也可为药材不同基原物种鉴定及混合药材粉末基原鉴定提供技术支撑,有利于保障临床用药的一致性和稳定性。; 刘姿怡裴艺菲冯雪赵贵萍陈铁柱陈铁柱; 关键词：淫羊藿单核苷酸多态性混合粉末焦磷酸测序

焦磷酸测序对药品中5种致病菌的快速鉴定方法被引量：1: 2022年; 目的建立焦磷酸测序对药品中5种致病菌的快速鉴定方法。方法通过信息网站及专业设计软件设计引物,扩增后进行电泳与焦磷酸测序,测序结果与Genebank库相应基因序列进行比对。结果5种致病菌测序结果与Genebank库相应基因序列匹配率均在93%以上,均能得到良好的鉴定结果。结论焦磷酸测序方法可以实现对5种致病菌的快速鉴定,大大提高鉴定效率。; 李秀珍刘风琴王芳郭树静; 关键词：焦磷酸测序通用引物

应用高通量测序法分析延边朝鲜族传统发酵泡菜发酵初期微生物多样性被引量：2: 2022年; 为探究朝鲜族传统发酵泡菜中核心菌群,本文采用高通量宏基因测序技术对8种泡菜中的群落多样性和丰度进行分析。结果表明,8种泡菜具有高度的细菌多样性,且不同样品间存在一定的共性和差异。细菌水平上,优势菌门为蓝藻门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);优势菌属为链球菌属(Streptophyta)、魏斯氏菌属(Weissella)和明串珠菌属(Leuconostoc)。真菌水平上,优势菌门为泡泡藻门(Phragmoplastophyta)和链球菌门(Streptophyta);优势菌属为芸薹属(Brassica)、辣椒属(Capsicum L.)、葱属(Allium)和紫苏属(Perilla)。本研究结果为朝鲜族传统发酵泡菜微生物资源开发和应用提供参考依据。; 刘丽宅刘笑笑白实金永梅魏春雁李刚; 关键词：高通量测序微生物多样性

焦磷酸测序技术在猪繁殖与呼吸综合征诊断检测中的应用: 2021年; 为建立高效准确的猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)快速确诊的检测方法,基于RT-PCR的焦磷酸测序检测方法,采用PSQ Assay Design SW软件分析PRRSV N蛋白基因的保守序列,设计扩增引物和测序引物,经过RT-PCR扩增和焦磷酸测序后,通过直观的序列结果显示,可直接进行PRRSV的确证,所建立的焦磷酸测序检测方法特异性好,且提高了检出率和准确性,避免了假阳性的出现,为猪繁殖与呼吸综合征的快速确诊提供了技术支撑,建立了PRRSV N蛋白基因的焦磷酸测序方法。; 曹丙蕾张群刘敏王群尹伟力; 关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒焦磷酸测序 PCR

焦磷酸测序检测NUDT15基因多态性的方法学评价: 2021年; 目的建立焦磷酸测序检测NUDT15 R139C基因多态性的方法并对其评价。方法设计引物,考察不同退火温度(55、57、60℃),建立NUDT15多态性分型最佳反应条件。检测不同量的*1*15型DNA样本(10、2、0.4 ng),考察方法的灵敏度;比较焦磷酸测序和Sanger测序分型结果,考察方法的准确度;对*1*1型和*1*15型样本重复检测3次,考察方法的重复性。结果明确扩增引物、57℃退火为焦磷酸测序检测NUDT15基因型的最佳条件,最低可检测0.4 ng基因组DNA;焦磷酸测序法和Sanger测序法的分型结果完全一致,方法准确度100%;批内重复3次检测结果完全一致。结论建立了基于焦磷酸测序的NUDT15 R139C基因多态性分型方法,此方法稳定可靠,可投入临床使用并为个体化使用巯嘌呤类药物提供指导。; 张婕妤初亚男封利颖邹秉杰; 关键词：焦磷酸测序基因多态性

DNA甲基化的测定焦磷酸测序法: 本标准规定了用焦磷酸测序法测定DNA甲基化的方法。本标准适用于动植物组织或体外培养细胞DNA甲基化测定。; 吕品马爱进张岩林浩李永鹏李东明黄芸杨宏超

Analysis of PTEN Methylation Pattern by Pyrosequencing in Renal Cell Carcinoma: 2020年; Objectives: We aimed to determine the frequency of PTEN (phosphatase with tensin homology deleted in chromosome 10) hypermethylation in renal cell carcinoma (RCC) and its impact on overall (OS) and disease-free survival (DFS). The association between PTEN hypermethylation and clinic and pathologic factors was also analyzed. Materials and Methods: The authors analyzed 137 patients who had undergone a radical or partial nephrectomy between 1997 and 2011. The methylation pattern was quantified individually at multiple CpG islands that are located on the exon 1 of PTEN gene by pyrosequencing. Results: Mean follow-up was 32.3 months. PTEN hypermethylation was detected with a low frequency (3.6%). There were no deaths or disease recurrence among patients with PTEN hypermethylation. Determining the association between PTEN hypermethylation and clinical and pathological factors was not possible due to the low frequency observed. Conclusion: The results show that the methylation of promoter CpG sites in PTEN is relatively infrequent in renal carcinogenesis and has no prognostic impact on survival.; Eurico Cleto Ribeiro de CamposMarcos Gonçalves Adriano JúniorMarcus Rivabem WinheskiRenan MartinsAdemar Lopes; 关键词：METHYLATION PTEN PYROSEQUENCING

焦磷酸光化测序技术的发展和应用被引量：1: 2020年; 人类基因组计划(Human Genome Project, HGP)不仅极大地提高了人类对基因组和相关遗传信息的认识水平,而且促进了生命科学研究技术的发展和应用。正是在这样的历史背景下,焦磷酸光化测序技术(pyrosequencing)由瑞典研究人员发明。焦磷酸光化测序技术的基础原理是基于"通过合成测序"原理进行酶促反应的DNA测序方法,通过基于释放焦磷酸盐时的链式反应的可见光检测,即可获得一个特异的检测峰,峰值的高低和相匹配的碱基数成正比。该技术可应用于DNA核苷酸序列和突变的检测、单核苷酸多态性的基因型的鉴定,以及DNA甲基化水平变化的分析等。近年来,随着摄影器材和成像技术的快速发展,这项技术的原理是基于通过酶促反应而实时检测可见光,因此,有望在检测的敏感性方面得到更进一步的发展。该文根据笔者在瑞典近三十年的工作经验和积累的文献,首先阐明焦磷酸光化测序的基本原理,然后介绍该技术的应用,最后讨论其发展前景。; 顾丰; 关键词：人类基因组计划基因变异 DNA甲基化

基于焦磷酸测序分析技术的金银花掺伪鉴别方法研究被引量：4: 2020年; 金银花是大宗药材,市场掺伪时有发生,但目前的检测方法不能满足快速准确的检测需求,因此亟需建立快精准的检测方法。为了确立高精准度和大通量的金银花掺伪鉴别检测方法,结合SNP标记及焦磷酸测序分型分析技术,对金银花及其常见伪品差异性SNP位点进行PCR扩增及焦磷酸测序分析。结果发现,运用焦磷酸测序技术对金银花和山银花的差异性SNP位点进行定量分析,能够对金银花真伪及掺伪量进行鉴定。该方法兼有PCR技术的灵敏性和焦磷酸测序技术的准确性,具有重复性好、自动化程度较高、易操作的特点,能在3小时之内完成金银花成分掺伪量的检测工作,并得出量化结果。; 徐石勇赵新张富丽刘征辉史清洪宋君王永兰青阔; 关键词：金银花

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