王娜
- 作品数：3 被引量：12H指数：2
- 供职机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 我国鼠疫耶尔森菌单核苷酸多态性特征研究被引量：1
- 2012年
- 目的了解我国不同鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌的单核苷酸多态性（SNP）特征。方法利用Mummer程序对已知全基因组序列的9株鼠疫菌进行全基因组比对，选择其中的13个基因片段（19个SNP位点）在国内133株鼠疫菌中进行PCR扩增、测序，并对序列进行UPGMA聚类分析。结果全基因组比对共筛查出3780处序列差异位点。通过对不同SNP位点组合的聚类分析发现我国鼠疫菌具有明显的地理区域性和生态型聚集性特征。结论SNP作为一种比较稳定的遗传标记，可以较好地反映我国不同鼠疫自然疫源地耶尔森鼠疫菌的基因组特征。
- 王娜申小娜俞东征夏连续魏建春蔡虹徐冬蕾陈晨崔志刚梁莹徐大琴雒涛海荣
- 关键词：聚类分析
- 鼠疫菌全基因组单核苷酸多态性研究进展被引量：3
- 2011年
- 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,包括同义SNPs(synonymous SNPs,sSNPs)和非同义SNPs(non?synonymous SNPs,nSNPs)。随着测序技术的迅速发展,获得了大量细菌全基因组序列,使得通过测序技术及生物信息学方法寻找潜在的SNPs位点成为可能。并且,由于SNPs本身的特性,使其作为一种新的分子标记,在细菌分型与进化、流行病学调查研究中得到广泛应用。该文主要阐述基于全基因组寻找SNPs位点,并建立以SNPs数据为基础的鼠疫菌微进化研究分析的研究进展状况。
- 王娜海荣俞东征
- 关键词：鼠疫菌全基因组单核苷酸多态性
- 我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌基因组序列测定及分析被引量：8
- 2011年
- 目的测定和分析我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌株（耶尔森菌）的全基因组序列，探讨玉龙疫情菌株（D106004）与邻近两个疫源地剑川菌株（D182038）和西藏菌株（Z176003）的亲缘关系。方法采用全基因鸟枪法及Solexa方法对3株鼠疫菌株进行全基因组测序．并进行比较基因组学分析。基因组间编码序列比较分析采用BLAST软件进行，基因组间重排分析采用MAUVE软件进行。结果鼠疫菌株D106004、D182038、Z176003均具有1个染色体和3个质粒，菌株间染色体、质粒特征基本相似；3株菌株间编码序列的蛋白相邻类的聚簇（COG）功能分类及插入序列数目比较差异无统计学意义（x2值分别为3．03、0．257，P均〉O．05）。菌株间编码序列、单核苷酸多态性（SNPs）和基因组重排结果显示，在3株菌株中，有2882个基因具有100％的同源性。其中D106004菌株预测的3636个基因中与D182038菌株一致的基因有2994个，90％以上相似的基因有240个；与Z176003菌株一致的基因有3113个，90％以上相似的基因有200个；D106004菌株与Z176003、D182038菌株的同义SNPs数为59、68个，非同义SNPs数为104、203个；D106004与Z176003菌株之间可分为11个重排片段，较之D106004与D182038菌株之间的16个重排片段数目明显减少。结论3株鼠疫菌株基因之间具有高度同源性，D106004与Z176003菌株之间的亲缘关系较之与D182038菌株更为接近．玉龙疫源地菌株可能是由西藏疫源地菌株进化而来。
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- 关键词：耶尔森菌鼠疫
