魏晶
- 作品数：2 被引量：4H指数：1
- 供职机构：华南理工大学生物科学与工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 高通量测序技术分析肺结核患者和潜伏感染者PBMC基因表达谱差异
- 肺结核是由结核分枝杆菌引起的呼吸道传染性疾病，是目前全球造成死亡人数最多的单一传染病。我国是世界上结核疫情最严重的国家之一，每年死亡人数达13万。潜伏感染者虽在感染结核杆菌后一段时间不发病，但是若不治疗发病风险有5%～1...
- 魏晶
- 关键词：肺结核PBMC高通量测序技术表达谱
- 高通量测序技术分析肺结核患者PBMC基因表达谱差异被引量：4
- 2013年
- 目的:应用Illumina高通量测序技术研究肺结核患者和健康人群PBMC基因表达谱差异,以寻找与肺结核发病相关的基因。方法:分离肺结核患者和健康人群PBMC,提取总RNA,并制备cDNA文库,通过接头序列固定在Flow cell上进行桥式PCR扩增,再用Illumina测序仪进行深度测序,结合生物信息方法分析两类人群基因表达谱的差异情况。结果:测序产生的原始数据经过滤、比对、注释后得到肺结核样本36 390类标签12 270个基因,正常对照样本35 009类标签12 244个基因。按照FDR≤0.001,|log2 Ratio|≥1筛选标准,筛选出3 097个差异基因,其中上调基因1 601个,下调基因1 469个。增大筛选标准至4倍,并对表达量进行控制,筛选出33个差异极显著基因,其中上调基因16个,下调基因17个。结论:差异基因大部分位于细胞内,起着连接功能(蛋白质连接),具有酶催化活性,在代谢中起着重要作用,并主要位于MAPK信号通路和趋化因子信号通路中。这些差异基因可以为今后肺结核领域筛选诊断标识和药物作用靶点做参考。
- 魏晶张晨晨张国良张明霞陈心春孟志忠
- 关键词：肺结核PBMC高通量测序表达谱
