张晓娜
- 作品数：3 被引量：13H指数：2
- 供职机构：国家工程研究中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 空间转录组检测技术研究进展及展望
- 2024年
- 空间转录组技术是一种通过测序或成像技术,在组织中进行基因空间表达检测的技术手段。该技术结合图像和建模分析算法,可以获得基因表达和各种细胞类型在组织中的空间分布模式。本文总结了空间转录组的实验检测原理和数据分析方法。在实验方法上,将目前的空间转录组技术分为三种类别,并详细描述每种类别实验技术的原理和特征;在数据分析上,按照数据前处理、基础生物学信息挖掘、细胞注释和组织微环境特征分析的顺序,描述其算法的原理和应用方向;最后,总结了空间转录组技术的局限性和未来发展方向,希望能为基础医学和分子生物学的科研工作者提供帮助。
- 冯学超邵雨彤曹群发李佳豪张衙楠李文琰韩峻松张晓娜蒋敏
- 关键词：基因表达数据挖掘
- 阴道念珠菌病患者阴道分泌物总RNA提取方法的研究被引量：4
- 2008年
- 目的探索一种简单有效的人体阴道分泌物标本总RNA提取方法并验证其可行性。方法采用人体上皮细胞与念珠菌标准菌株的混合物（10^6：10^6），对匀浆、玻璃珠和液氮研磨三种破壁方法，纯化柱、酚两种提取方法组合产生的5种不同RNA提取方法进行比较：并将提取效果最好的方法应用于临床标本。结果5种方法均可提取出总RNA，其中，热酚法提取质量浓度最高，达到0．6546g／L，其次为RNeasy试剂盒提取方法为0．6010g/L．玻璃珠法为0．2678g／L，匀浆后TRlzol法为0．2284g／L，液氮研磨后TRlzol法为0．2115g／L。但电泳结果显示，以液氮研磨后TRlzol提取质量最好，而且标准菌株及培养细胞混合物两种细胞成分RNA均被提取，RT—PCR以及荧光定量PCR验证结果显示，该方法可以应朋于临床标本RNA提取，结论液氮研磨后TRlzol法是一种简单而有效的阴道分泌物临床标本RNA提取方法，而且提取物可以满足常规下游实验的需求。
- 佘晓东韩峻松吕雪莲张晓娜占萍张翼刘维达
- 关键词：念珠菌病外阴阴道黏液RNA提取
- 高通量单细胞转录组测序发展与展望被引量：9
- 2020年
- 近年来,单细胞转录组测序技术发展迅猛,为人们研究细胞的异质性及在单个细胞分辨率下理解生命体系、过程和不同疾病状态提供了有效手段。基于微流控技术发展而来的高通量单细胞转录组测序技术是实现大量细胞平行检测的主要方法。现从高通量单细胞转录组检测平台研究进展、单个细胞捕获及检测的常用方法——特别是微滴与微孔技术原理与特点、数据分析流程、数据挖掘手段、现有存在问题和未来发展方向等角度进行阐述,希望该技术对生命科学研究起到促进和推动作用。
- 蒋敏李慧莉庞盼盼韩峻松李跃张晓娜
- 关键词：单细胞微流控数据挖掘
