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不依赖于特异性抗体的捕获TF在全基因组上结合位点的方法: 本发明属于基因转录调控领域，具体涉及一种不依赖于特异性抗体的捕获TF在全基因组上结合位点的方法。该方法包括以下步骤：S1、构建带有rFC标签的目的转录因子表达质粒，进而向细胞中引入TF‑rFC融合蛋白表达，培养到所需时期...; 张勇刘桂芬王湘秀王文; 文献传递

应用于斑马鱼胚胎的易接近转座酶核染色质高通量测序实验的方法: 本发明涉及一种应用于斑马鱼胚胎的易接近转座酶核染色质高通量测序实验(ATAC-seq)的方法，首先进行斑马鱼胚胎样本前处理，然后在胚胎中加入裂解缓冲液，用广口枪头在冰浴中裂解胚胎，立即进行转座反应并纯化DNA，然后通过实...; 刘桂芬张勇王璐莹霍霄赵程辰王文; 文献传递

应用于斑马鱼胚胎的先加标签的染色质免疫共沉淀高通量测序实验方法: 本发明涉及应用于斑马鱼胚胎的先加标签的染色质免疫共沉淀高通量测序(iChIP-seq)实验方法，首先斑马鱼胚胎样本进行甲醛交联，然后通过MNase酶切获取单核小体，H3抗体将染色质固定在磁珠上，从而在磁珠上对各种不同的样...; 刘桂芬张勇陈韵如胡圣恩曾诗扬陈晓兰; 文献传递

利用CRISPR/Cas9构建稳定遗传的斑马鱼WHSC1L1纯合突变体被引量：4: 2016年; 本研究以斑马鱼为研究对象,成功构建组蛋白甲基化酶WHSC1L1基因敲除的纯合突变体,为研究WHSC1L1在胚胎发育早期组蛋白甲基化修饰的影响提供模型。采用CRISPR/Cas9系统进行基因编辑通过http://crispr.dfci.harvard.edu/SSC/和http://crispr.mit.edu/网站分别对靶位点序列特征和脱靶可能性打分,设计高活性的single-guide RNA(sgRNA)通过TA克隆测序检测到F_0突变效率高达75%,通过F_0代雌雄交配,对得到13条F_1代成体进行逐一剪尾鳍鉴定基因型,得到6条WHSC1L1基因缺陷的纯合突变体,6条纯合体均为同一种突变类型,且突变类型为移码突变。通过设计高效率的sgRNA可以直接通过F_0代雌雄交配获得纯合突变体省去了F_0代与野生型交配确定突变率的步骤。本研究得到WHSC1L1基因缺陷的纯合体,为研究胚胎发育过程中由此基因突变引起的组蛋白甲基化修饰变化对胚胎发育的影响及机制提供了有力的帮助。; 陈韵如王湘秀李绍娟刘桂芬; 关键词：斑马鱼

斑马鱼胚胎单细胞染色质超敏位点高通量测序实验方法: 本发明涉及斑马鱼胚胎单细胞染色质超敏位点高通量测序实验方法，首先进行斑马鱼胚胎样本前处理，然后将胚胎转至含有裂解缓冲液的管中，用广口枪头在冰浴中裂解胚胎；再进行脱氧核糖核酸酶I酶切反应，抽提纯化DNA，利用建库试剂盒构建...; 刘桂芬张勇王湘秀陈玉洁王晨飞修文超; 文献传递

结肠癌斑马鱼异种移植物的单细胞转录组分析: 2022年; 斑马鱼(Danio rerio)是研究人类肿瘤生物学重要的模式动物之一。癌症个性化治疗最常用的临床前研究模型为肿瘤异种移植,但斑马鱼异种移植模型与单细胞转录组分析测序相结合的研究鲜有报道。据此,本研究首先建立了结肠癌肿瘤细胞系HCT-116的斑马鱼异种移植模型。肿瘤细胞在幼鱼体内增殖4 d后,利用酶解法和超速流式细胞分选得到肿瘤单细胞悬液。同时制备同步化2D培养4 d的HCT-116单细胞悬液。对以上2个样品的单细胞转录组数据进行分析,聚类结果显示,异种移植物中超过90%的结肠癌肿瘤细胞系HCT-116细胞基因表达水平与培养箱同步培养的一致,表明斑马鱼作为异种移植宿主可以较好地保持肿瘤细胞的状态。但仍有一部分结肠癌肿瘤细胞系HCT-116细胞属于异种移植模型,差异表达分析表明这一部分细胞高表达的基因从多个通路对肿瘤细胞在幼鱼体内的增殖、转移和促血管生成等过程进行调控。研究结果为系统评估斑马鱼肿瘤异种移植模型提供了新的角度。; 陈佳王湘秀华玉为刘桂芬; 关键词：斑马鱼异种移植结肠癌

Using local chromatin structure to improve RISPR/Cas9 efficiency in zebrafish: Although CRISPR/Cas9 system has been successfully applied to zebrafish studies,its efficiencies vary greatly f...; 陈韵如曾诗扬胡瑞坤黄未来王湘秀刘江舫刘桂芬曹莹张勇; 关键词：ZEBRAFISH

不依赖于特异性抗体的捕获TF在全基因组上结合位点的方法: 本发明属于基因转录调控领域，具体涉及一种不依赖于特异性抗体的捕获TF在全基因组上结合位点的方法。该方法包括以下步骤：S1、构建带有rFC标签的目的转录因子表达质粒，进而向细胞中引入TF‑rFC融合蛋白表达，培养到所需时期...; 张勇刘桂芬王湘秀王文

斑马鱼合子基因组激活过程中表观遗传调控的研究进展: 2017年; 合子基因组激活作为斑马鱼胚胎发育早期的关键转折事件,其发生对早期胚胎发育和全能性的形成有着重要的意义。研究发现,合子基因组激活在不同物种中发生的时间和持续的过程有着很大的差异,且有多种因素共同参与调控合子基因组的激活过程,其中表观遗传调控是最重要的因素之一。综述了斑马鱼合子基因组激活过程中表观遗传调控因素的研究进展,包括DNA甲基化、组蛋白修饰和核小体定位等,有助于深入理解合子基因组激活的发生过程。; 王湘秀刘桂芬; 关键词：DNA甲基化核小体定位组蛋白修饰斑马鱼

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刘桂芬