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张发起

作品数：55 被引量：187H指数：9
供职机构：中国科学院西北高原生物研究所更多>>
发文基金：国家自然科学基金国家科技基础性工作专项国际科技合作与交流专项项目更多>>
相关领域：生物学农业科学医药卫生历史地理更多>>

合作作者

文献类型

  • 32篇期刊文章
  • 5篇会议论文
  • 5篇专利
  • 1篇科技成果

领域

  • 31篇生物学
  • 5篇农业科学
  • 1篇建筑科学
  • 1篇医药卫生
  • 1篇历史地理

主题

  • 10篇植物
  • 9篇基因
  • 8篇叶绿
  • 8篇叶绿体
  • 8篇测序
  • 7篇微卫星
  • 5篇叶绿体DNA
  • 5篇谱系
  • 5篇谱系地理学
  • 5篇转录
  • 5篇转录组
  • 4篇地理学研究
  • 4篇青藏
  • 4篇青藏高原
  • 4篇龙胆
  • 4篇高通量
  • 4篇高通量测序
  • 4篇SNP
  • 4篇SSR
  • 3篇引物

机构

  • 43篇中国科学院
  • 26篇中国科学院大...
  • 3篇西南大学
  • 3篇中国科学院研...
  • 1篇兰州大学
  • 1篇洛阳师范学院
  • 1篇青海民族大学
  • 1篇青海大学
  • 1篇国家林业局

作者

  • 43篇张发起
  • 33篇陈世龙
  • 24篇高庆波
  • 12篇王久利
  • 11篇邢睿
  • 10篇付鹏程
  • 6篇张得钧
  • 6篇张金华
  • 5篇迟晓峰
  • 4篇段义忠
  • 4篇李印虎
  • 2篇陈生云
  • 1篇沈建伟
  • 1篇皮立
  • 1篇胡风祖
  • 1篇吴桂莉
  • 1篇谭亮
  • 1篇董琦
  • 1篇徐隆华
  • 1篇刘楠

传媒

  • 8篇植物研究
  • 5篇广西植物
  • 3篇生物学杂志
  • 3篇植物分类与资...
  • 2篇中国野生植物...
  • 2篇西北植物学报
  • 2篇中国植物学会...
  • 1篇生物多样性
  • 1篇植物分类学报
  • 1篇微生物学报
  • 1篇安徽农业科学
  • 1篇干旱区地理
  • 1篇林业科学研究
  • 1篇Agricu...
  • 1篇基因组学与应...
  • 1篇世界遗产

年份

  • 3篇2024
  • 2篇2023
  • 3篇2022
  • 3篇2021
  • 2篇2020
  • 2篇2019
  • 2篇2018
  • 4篇2017
  • 4篇2016
  • 1篇2015
  • 5篇2014
  • 5篇2013
  • 2篇2012
  • 5篇2008
共 55 条 记 录，以下是 1-10
全选 清除 导出
排序方式：
四对黄绿卷毛菌核基因引物的设计、扩增与测序方法
本发明涉及一种四对黄绿卷毛菌核基因引物的设计、扩增与测序方法，该方法包括以下步骤：⑴分别采用与<i>EF1</i><i>–</i>α、<i>RPB1</i...
邢睿高庆波张发起陈世龙
青藏高原地区3种蒿属植物转录组比较分析被引量：1
2022年
米蒿(Artemisia dalai-lamae)、冷蒿(Artemisia frigida)和臭蒿(Artemisia hedinii)作为西北干旱半干旱地区常见植物,具有防风固沙、阻止草原退化、杀菌消炎和治疗多种疾病的功效。通过Illumina测序技术分别对3种蒿属植物进行转录组测序和分析,分别获得54268322,46434864和43971646条Clean reads,并对测序结果进行了SNP和可变剪接分析。在米蒿和冷蒿对比组(ADL vs AF)中筛选到6107个差异基因,在米蒿和臭蒿对比组(ADL vs AH)中筛选到4822个差异基因,在冷蒿和臭蒿对比组(AF vs AH)中筛选到3755个差异基因。GO富集将差异基因注释到生物过程、细胞组成和分子功能这3个类别共47个条目。KEGG代谢通路分析将3个对比组的差异基因分别富集到198、198和197条通路。对每个对比组的前10个高表达差异基因进行了分析,并筛选出25个生物碱、萜类和类黄酮的活性成分可能相关的差异基因。本研究为蒿属植物的物种鉴定、抗逆性研究和资源利用提供一定的科学依据。
余静雅夏铭泽徐浩张发起
关键词：蒿属SNP
基于叶绿体DNA谱系地理结构研究横断山区穿心莛子蔗(忍冬科)的西向和北向扩散
古造山运动和第四纪气候波动对喜马拉雅-横断山脉地区造成的丰富多样的地形和环境对生物的进化具有重要影响。为了探究忍冬科穿心莛子藨的谱系地理结构和历史动态,我们选用三个叶绿体DNA片段(rbcL-accD,rps15-ycf...
刘海瑞高庆波张发起陈世龙
关键词：叶绿体DNA谱系地理学第四纪
高寒带下的绿色生机 可可西里的植被类型和代表性植物解读
2017年
由于受到人类活动的干扰很小，可可西里大部分地区至今仍保持着原始的自然状态。其特殊的地理位置、地质、地貌及气候演变历史所孕育出来的独特生物多样性资源为国内外科学界所注目。
高庆波陈世龙张发起邢睿
关键词：物竞天择植被类型生境植物生物多样性
基于高通量测序分析青藏高原特有植物蓝玉簪龙胆(Gentiana veitchiorum)的SSR和SNP特征被引量：8
2016年
利用Illumina HiSeq ^(TM)2500平台对青海省库泽县的蓝玉簪龙胆(Gentiana veitchiorum)进行高通量测序,共得到SSR序列8 588条,对其SSR重复类型进行分析;三核苷酸重复类型所占的比例最大占54.7%(4696);其次是二核苷酸重复类型占41.3%(3543);四核苷酸重复类型,五核苷酸重复类型和六核苷酸重复类型所占的比例较少(共占4%)。在二核苷酸重复类型中AT/TA重复类型所占的比例最大分别为9.85%和9.5%。在微卫星中重复单元的长度大小和重复次数成负相关,并且微卫星的总长度与重复单元的长度成正相关。在蓝玉簪龙胆的花(GP-F)和叶(GP-L)中分别得到253 789和249 417个SNP位点,其中在非编码区上的比例为51.29%和51.96%。分析发现蓝玉簪龙胆SNP位点在编码区中同义转换所占的比例(48.63%和47.96%)要远远高于非同义转换的比例(0.08%和0.08%),可能与功能基因序列相对稳定有关。
田尊哲高庆波陈世龙张发起
关键词：蓝玉簪龙胆高通量测序微卫星
基于叶绿体基因序列rbcL-accD研究莛子藨的分子遗传多样性和谱系地理结构被引量：3
2018年
莛子藨是莛子藨属的一种多年生草本植物,主要分布在青藏高原东北部及邻近高山地区和日本,为东亚特有种。本文基于叶绿体DNA基因间隔区rbcL-accD序列,对莛子藨物种水平的序列特征、分子遗传多样性和谱系地理结构进行研究。分析结果发现该区域莛子藨种群的遗传变异主要来自于居群间(72.28%),优势单倍型(H2)广泛分布,特有单倍型分散在多个居群。居群间遗传分化系数N_(ST)
刘海瑞高庆波张发起邢睿迟晓峰陈世龙
藏茵陈基源植物皱边喉毛花的全长转录组信息分析被引量：1
2023年
皱边喉毛花为藏药藏茵陈基源植物之一,其包含丰富的药用成分。为进一步了解皱边喉毛花转录组,丰富其基因注释、代谢通路等遗传信息,该研究利用PacBio测序平台对皱边喉毛花叶片进行全长转录组测序。结果表明:(1)全长转录组测序共获得17 Gb的高质量数据,对795698个环形一致性序列(CCS)序列进行聚类和去冗余,最终获得87814条高质量的全长转录本。(2)与7个数据库比对后,共有277451条转录本注释成功,其中注释到NR数据库的转录本最多,有39214条。26396条转录本成功注释到KOG数据库中,共有26个子类。39104条转录本注释到KEGG数据库中,涉及6个主要通路和40个子通路。39102条转录本注释到GO数据库中,按分子功能、生物学过程和细胞成分3大类对注释成功的转录本进行分类。(3)SSR分析共鉴定到22861个SSR,其中单碱基重复最为丰富;共检测到1874个转录因子和15166个长非编码RNA(LncRNA),而注释到转录本最多的转录因子家族是C3H。(4)筛选出55条与单萜类及黄酮类化合物合成相关的转录本。该研究结果丰富了皱边喉毛花的转录组信息,为进一步筛选皱边喉毛花药用成分合成相关的关键基因提供了重要的遗传资源。
韩霜徐浩余静雅韩赟张发起
关键词：代谢通路转录因子
椭圆叶花锚简化基因组的SSR信息分析及SSR引物开发被引量：10
2018年
基于RAD-seq简化基因组测序技术获得椭圆叶花锚(Halenia ellipitica D.Don)简化基因组水平上的序列信息并开发SSR分子标记。利用SR search软件检测而得到双端各有至少100 bp的五种类型的SSR(二、三、四、五、六核苷酸)位点共6 201个,并成功设计其中3 865个SSR引物。在能成功设计引物的SSR位点中,三核苷酸SSR位点最多;重复序列长度包括17种(12~36 bp);重复序列的基序共达316种,其中五核苷酸基序种类最多(91种)。从中挑选65对可对应五种SSR类型的引物,经梯度PCR检验后,利用椭圆叶花锚的4个居群32个个对可扩增的引物进行PCR和聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,其中14对引物能在绝大多数个体中扩增,且13对具多态性。13个多态性位点的等位基因数量均值为5.462,多态性较高且不连锁(P<0.05);其中10个位点在多数居群中偏离哈迪温伯格平衡(P<0.01)且存在较高的纯合子数量(观测杂合度Ho均值0.226);近交系数在-0.443~1,均值为0.656;基因流N_m为0.474。
王久利陈世龙陈世龙邢睿朱明星张发起
关键词：椭圆叶花锚SSR分子标记
高山植物条纹狭蕊龙胆的分子亲缘地理学研究被引量：21
2008年
草本植物由于较短的生活周期以及对环境变化的敏感性,可能会更好地揭示第四纪冰期以来植物居群变化的历史过程。分子亲缘地理学研究是揭示动植物居群历史的有力工具,但到目前为止对青藏高原草本植物的分子亲缘地理学研究几乎是空白。因此,本文选择在青藏高原及邻近地区生长的一年生高山草本植物条纹狭蕊龙胆为研究对象,进行了13个居群155个个体的叶绿体基因组(cpDNA)非编码片段trnH(GUG)-psbA基因间区序列变异检测,共发现7种单倍型,其中单倍型Hap A是分布最广的,而单倍型Hap E、Hap F和Hap G是拥有的居群所特有的。青藏高原东北部、东部及邻近地区的每个居群拥有的单倍型非常单一,而高原东南部横断山区的单倍型分布很集中,遗传多样性也相对较高。分子变异分析(AMOVA)结果表明整个分布区条纹狭蕊龙胆的遗传变异主要存在于居群间(73.05%),且居群间的遗传分化很高(GST=0.805,FST=0.731,NST=0.859),有着显著的亲缘地理学结构(NST>GST,P<0.05)和较低的居群间的平均基因流(Nm=0.184)。结合巢式支系法分析(NCA),根据本文的研究结果推测青藏高原东南部横断山区是该植物第四纪冰期时可能的避难所,而且在间冰期或冰期后,伴随着异域片段化和过去片段化从避难所发生范围扩张而形成当前单倍型及居群的分布格局。
陈生云吴桂莉张得钧高庆波段义忠张发起陈世龙
关键词：高山植物叶绿体DNA避难所
青藏高原地区山生柳遗传多样性研究被引量：7
2019年
利用叶绿体非编码区片段研究分布于青藏高原地区的山生柳居群遗传多样性,对未来山生柳生态环境和青藏高原地区物种丰富度的保护具有指导意义。该研究设计并筛选出cpDNA引物5′trnG2G-3′trnG(UUC)和5′rpS12-rpL20,用扩增出的片段和对应的联合片段进行后续的遗传多样性分析。结果表明:通过山生柳的联合片段检测到35种单倍型,单倍型多态性0.626,核苷酸多态性0.00085。中性检验Tajima’sD(-2.28670,P<0.01)和Fu’sFs(-5.29805,P<0.02)都是显著负值,推测山生柳个体数近期经历过扩张。AMOVA分析显示,居群内和居群间遗传变异分别为93.70%和6.30%,表明居群内的变异是山生柳遗传变异的主要来源。居群间遗传分化程度中等偏低(FST=0.063),基因流(Nm)为7.439,说明山生柳各居群的基因交流非常频繁,不同地理居群间存在一定的基因流动。遗传分化系数NST(0.075)大于GST(0.068)和基于遗传距离和单倍型的UPGMA聚类分析,表明山生柳12个居群分为4组且与居群的地理分布没有明显相关性。山生柳是进行有性繁殖还是无性繁殖主要受环境因素的影响,居群内变异是山生柳遗传变异性的主要来源,居群间基因交流频繁。
吴锦杨茜王久利高庆波张发起张发起
关键词：基因流青藏高原叶绿体DNA
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