贺新义
- 作品数：40 被引量：23H指数：2
- 供职机构：上海交通大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学化学工程轻工技术与工程自动化与计算机技术更多>>
- 一种目标RNA单碱基编辑的系统和方法
- 本发明提供了一种目标RNA单碱基编辑的系统和方法。具体地，本发明提供了一种碱基编辑器,包括靶向元件和编辑效应元件，其中所述靶向元件与所述编辑效应元件形成一融合蛋白,其中所述靶向元件包含硫修饰核酸识别蛋白，所述编辑效应元件...
- 贺新义于昊刘光邓子新
- 文献传递
- Streptoverticillium rimofaciens ZJU5119提取液中米多霉素及其衍生物的分析被引量：1
- 2009年
- 通过对Streptoverticillium rimofaciens ZJU5119的菌种培养和发酵,利用高效液相色谱-质谱(HPCL-MS/MS)连用技术分析了其发酵液中米多霉素提取物的组成和结构.结果表明:在提取物中,除米多霉素外还含有3种衍生物,其中2种为首次报道;该方法为寻找发酵物中高效抗生素衍生物的提取和分析提供了依据;同时,也为寻找通过组合生物化学合成的新衍生物提供了分析手段.
- 李力贺新义邓子新
- 关键词：抗生素衍生物生物合成
- 变铅青链霉菌中DNA硫化修饰基因组岛的分子遗传学研究
- 本研究在比较野生型变铅青链霉菌和ZX1的染色体稀有限制性片段时,完善了它的染色体物理图谱,发现一个长约90kb的AseI片段在ZX1染色体上发生了缺失,它位于AseI-Aa(1800 kb)和AseI-Ab(900 kb...
- 贺新义
- 关键词：变铅青链霉菌
- 文献传递
- 一种适用于链霉菌异源合成基因簇同框缺失的高效方法
- 2022年
- 【背景】对抗生素生物合成途径的阐明有助于提高目标化合物的产量并开发具有更高活性的新化合物。基因的同框缺失是天然产物生物合成研究的常规手段,通过分析突变菌株积累的中间产物,可以帮助推导天然产物的合成途径及相关基因的功能。天然产物生物合成基因簇的大小一般在20 kb以上,对每个基因进行同框缺失耗时耗力,因此,优化链霉菌来源的基因同框缺失的方法有重要的意义。【目的】基于PCR-targeting重新设计了一套在链霉菌柯斯文库质粒上进行基因同框缺失的方法,实现链霉菌基因在大肠杆菌中快速、高效的基因同框缺失的技术体系。【方法】使用氨苄青霉素抗性基因bla作为PCR-targeting DNA片段的筛选标记,同时使用体外的Pac I酶切和酶连系统代替体内的Flp/FRT系统来介导同框缺失的构建。【结果】利用这种方法,在6 d内完成了米多霉素生物合成基因簇中14个基因的同框缺失。【结论】此方法与传统的PCR-targeting方法相比,构建同框缺失载体的效率明显提高;Pac I识别序列在链霉菌基因组上的稀有性使得此方法在构建抗生素生物合成基因簇必需基因的同框缺失载体上具有普适性。
- 林琛罗祥坤邓子新贺新义
- 关键词：链霉菌
- 杀稻瘟菌素生物合成中甲基转移酶功能研究
- 王先坤杜爱芹贺新义
- 利用酵母同源重组系统克隆肺炎克雷伯菌基因组岛
- 2009年
- 利用酵母同源重组系统克隆耐药性条件致病菌肺炎克雷伯菌的基因组岛.具体方法为:对20株从临床中分离的肺炎克雷伯菌进行体外tRIP PCR扩增以搜索外源基因组岛;利用酵母同源重组系统构建作用于arg6 tRNA基因位点的酵母捕捉载体YCV6并克隆该位点的基因组岛.结果表明:在该20株肺炎克雷伯菌中,arg6 tRNA基因位点的tRIP PCR结果都是1.2 kb,没有筛选到大基因组岛插入;所构建的酵母捕捉载体YCV6携带了2个1.8 kb的靶序列,分别与肺炎克雷伯菌arg6 tRNA基因位点两侧的保守序列同源;将线性化的载体YCV6与肺炎克雷伯菌临床株HS04044的总DNA一起转入酵母细胞,利用酵母同源重组克隆临床菌株HS04044染色体上插入arg6位点的小基因组岛.该位点特异性的捕捉载体YCV6可用于克隆肺炎克雷伯菌临床株染色体插入arg6位点的外源DNA序列.
- 易梅陈楠张杰贺新义蒋晓飞贾士儒邓子新秦广雍欧竑宇
- 关键词：重组克隆肺炎克雷伯菌
- 变铅链霉菌中DNA位点专化性的硫修饰
- 变铬青链霉菌基因组DNA在电泳过程中发生降解,此现象被命名为Dnd(DNA degradation)。实验证实这是硫分子掺入DNA引起的表型。我们成功克隆了与此相关、定位在一段8 kb的基因组DNA序列上的五个基因,命名...
- 梁晶丹徐铁钢贺新义周秀芬邓子新
- 文献传递
- 天蓝色链霉菌中一种DNA硫化修饰依赖型限制系统的发现和功能研究
- 贺新义
- 模式链霉菌天蓝色链霉菌M145不仅对不同类型的甲基化DNA具有很强的限制性，该研究发现它对新型的DNA磷硫酰化修饰限制也很强。通过比较基因组学的研究发现，一个16.9kb的基因岛上的基因sco4631被敲除之后，突变株不...
- 关键词：
- 关键词：链霉菌天蓝色链霉菌基因表达
- CMP羟甲基化酶MilA中与甲基羟化过程相关的关键氨基酸定点突变分析
- 2014年
- 【目的】米多霉素生物合成起始反应的MilA蛋白可以使底物胞苷酸单磷酸(CMP)的胞嘧啶碱基C5位上形成羟甲基化,形成羟甲基化胞苷酸(HmCMP),MilA是迄今发现的首个能够高效利用CMP的羟甲基化酶。MilA属于脱氧胸苷酸合成酶(TS)和脱氧胞苷酸羟甲基化酶(CH)蛋白超家族,通过三维结构预测发现它们的三维结构非常相似,CH94上的丝氨酸曾被证明与胞嘧啶上甲基变成羟甲基过程有关,MilA102上对应的氨基酸为苏氨酸,TS91上对应的氨基酸为脯氨酸。因此,突变MilA上第102位的苏氨酸,考察该氨基酸对CMP和脱氧胞苷酸(dCMP)羟甲基化反应的影响。【方法】通过定点突变技术,将MilA第102位的保守氨基酸苏氨酸(Threonine,T)分别点突变成缬氨酸(Valine,V)和亮氨酸(Leucine,L)。【结果】体外酶活实验结果显示,相对于MilA,MilA T102V对于CMP的催化活性下降87.1%,对于dCMP的催化活性没有影响;而MilA T102L均丧失了对于两种底物的活性。【结论】这表明Thr102对于MilA催化底物CMP形成HmCMP至关重要;同时,失去活性的仅比缬氨酸和野生型苏氨酸的链长多出了一个碳原子,暗示其在与底物结合时形成了一定的空间位阻效应。Thr在102位点的功能经过自然进化的微调有可能已经达到最优化。
- 高土玲陈诚赵功邓子新胡申才贺新义
- 关键词：定点突变
- 杀稻瘟菌素生物合成基因簇的边界确定被引量：2
- 2014年
- 【目的】杀稻瘟菌素(BS)是六元糖环肽核苷类抗生素,在农业和基因工程方面有重要应用。由于在其原始产生菌中很难进行基因操作,且许多合成步骤未知,为了增加对此基因簇的认识,为后续生物合成途径的推导和改造提供更多依据,在变铅青链霉菌中确定该基因簇的边界,并对blsK基因功能进行初步研究。【方法】利用PCR-targeting法对已测序基因簇中的基因进行基因置换得到突变株,LC-MS检测突变株发酵液的产物从而确定基因置换是否影响杀稻瘟菌素的产生。【结果】明确了杀稻瘟菌素基因簇包含blsD–blsM共10个基因;在blsK的基因置换突变株中检测到去甲基杀稻瘟菌素(DBS)和少量杀稻瘟菌素的积累。【结论】blsD–blsM这10个基因负责杀稻瘟菌素的生成;从blsK的突变株产物积累结果推测,BlsK蛋白负责加载亮氨酸到DBS的精氨酸衍生侧链的β-氨基上,生成N-亮氨酰化去甲基杀稻瘟菌素(LDBS);BS生物合成途径有两条,一条是由DBS直接甲基化生成BS;另一条是由DBS转化成LDBS继而由LDBS甲基化和水解生成BS。
- 杜爱芹吴俊邓子新贺新义
- 关键词：基因簇生物合成途径
