袁志发
- 作品数：123 被引量：1,006H指数：17
- 供职机构：西北农林科技大学理学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中华农业科教基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学理学经济管理更多>>
- 非平衡群体基因变异测量的Shannon信息量方法被引量：26
- 2001年
- 在Ｓｈａｎｎｏｎ信息量的基础上，对非平衡群体建立了群体基因型相对信息量Ｓ＇（Ｇ），纯合体相对信息量Ｓ＇Ｊ（Ｇ）、杂合体相对信息量Ｓ＇Ｈ（Ｇ）的概念，并赋予它们以遗传学意义．与基因一致度Ｊ和基因多样度Ｄ进行了理论比较，结果表明，二者在数量规律上有很好的一致性，但又是相对独立的指标体系，且各相对信息量还有新的内涵．Ｓ＇（Ｇ）既能表征基因变异，又能反映基因型水平上的遗传变异，Ｓ＇Ｊ（Ｇ）主要反映纯合体的遗传变异，Ｓ＇Ｈ（Ｇ）主要反映杂合体的遗传变异．各相对信息量既可反映群体的遗传变异程度，又能比较不同位点间的遗传变异程度．
- 郭满才宋世德周静芋袁志发
- 关键词：基因变异
- 猪肉pH值相关QTL整合定位与基因关联分析
- 2012年
- 为了整合与优化猪肉pH值相关数量性状位点(quantitative traitloci,QTL),为分子标记辅助选择奠定基础,采用Meta分析,整合猪pH相关QTL,并对已知候选基因与"真实"QTL(MQTL)进行关联。收集猪肉pH值相关QTL,将其映射到美国肉畜研究中心(USDA-MARC2.0)公布的猪遗传连锁图谱,构建新的整合图谱,新图谱中的QTL簇经Meta分析,聚合为MQTL。进一步将已知候选基因映射到整合图谱,比较候选基因与各"真实"QTL的位置差异,分析其关联性。结果显示:224个原始QTL聚合成37个QTL簇,通过Meta分析,得到37个MQTL。MQTL的95%置信区间1.35～25.32cM,相比原始QTL缩短29.20%～92.36%。其中,MQTL35、MQTL16、MQTL10、MQTL4和MQTL17的置信区间均在5cM以内,且分别是由7、8、4、5、7个QTL聚合而成,具有较高的精确度和一致性。LYZ、RYR1、VTN、MYPN和PRKAG3基因映射到整合图谱后,分别定位在MQTL13、MQTL18、MQTL29、MQTL32和MQTL34置信区间内,可将其作为关键区域,开展深入研究工作。
- 刘璐苏玉虹王军赵会仁袁志发
- 关键词：猪肉PH值QTLMETA分析
- 6个中国固有绵羊品神遗传关系的微卫星标记分析（英文）
- 用5对微卫星引物对哈萨克羊、蒙古羊、兰州大尾羊、同羊、大尾寒羊、小尾寒羊共6个中国固有绵羊品种基因组进行了扩增,对扩增结果用7种聚类方法（欧氏距离、欧氏平方距离、夹角余弦、皮尔逊相关、车贝雪夫距离、街区距离、明考夫斯基距...
- 雷雪芹陈玉林陈宏袁志发徐廷生郭满才雷初朝孙维斌
- 关键词：绵羊微卫星标记聚类分析
- 文献传递
- 南江黄羊体重性状的微卫星标记研究被引量：3
- 2005年
- 通过10个微卫星位点,对周岁体重差异较大的南江黄羊极端个体基因组DNA进行扩增检测, 方差分析寻找与体重性状显著相关的微卫星标记。然后,利用该引物对随机群体进行检测,应用线性模 型计算含有相应标记个体体重性状的标记效应和替代效应。结果发现,BM3413位点的186bp和190bp 等位基因、MFA70位点的109bp等位基因、INRA063位点的178bp和184bp等位基因、MB066位点的 110bp等位基因、MB3501位点的176bp等位基因,这些标记基因与南江黄羊周岁体重呈极显著正相关, 相关系数在0．5180-0．7375之间。BM3413位点的182bp等位基因、MFA70位点的115bp等位基因、 MB066位点的98bp等位基因,这些标记与南江黄羊周岁体重呈显著(极显著)的负相关．相关系数在- 0．6539--0．388之间。
- 张恩平陈玉林袁志发张亚妮
- 关键词：南江黄羊体重性状微卫星标记
- FSHR基因的PCR-RFLP对牛双胎性状的标记分析被引量：12
- 2003年
- FSHR基因 5’端 (包括侧翼序列和第一外显子 )的限制性内切酶TaqⅠ的PCR -RFLP标记研究发现 ,在秦川牛中双胎母牛的A基因频率 (0 5 5 0 0 )和AA基因型频率 (0 5 0 0 0 )分别高于单胎母牛的A基因频率 (0 35 0 0 )和AA基因型频率 (0 30 0 0 ) ;在黑白花奶牛中双胎母牛的B基因频率 (0 5 937)和BB基因型频率 (0 6 875 )均高于单胎母牛的B基因频率 (0 5 4 16 )和BB基因型频率 (0 4 16 7) ,也就是FSHR基因的 5’端的PCR -RFLP标记在一个品种内单胎母牛和双胎母牛之间有一定趋势 ,但两个品种的趋势不同。
- 雷雪芹陈宏徐廷生袁志发雷初朝孙维斌胡沈荣
- 关键词：FSHR基因双胎性状产仔率基因频率
- 一种新的氨基酸序列进化距离及其应用被引量：1
- 2012年
- 在选择的思想下,建立了蛋白质氨基酸序列的进化动力学方程,提出了一个新的蛋白质氨基酸序列的进化距离———选择进化距离,该距离统一了前人提出的各种氨基酸序列的进化距离;将该动力学方程转换为线性模型后,利用最小二乘法可实现模型中参数b的估计;最后,通过17个物种的细胞色素b的氨基酸序列说明了该选择进化距离的计算方法,并根据自展法比较了不同进化距离得到的物种进化树。结果表明,利用选择进化距离构建的进化树与其他几种进化距离得到的进化树的拓扑结构一致。选择进化距离为估计蛋白质氨基酸序列的进化距离提供了新方法。
- 解小莉梁丽萍杜俊莉袁志发
- 关键词：氨基酸序列进化距离动力学方程
- 基于Meta分析的猪后腿性状QTL整合定位被引量：1
- 2012年
- 【目的】通过Meta分析,利用数学模型整合与优化猪后腿腿臀质量、腿臀肉质量和腿臀比性状的QTL,提高QTL定位的准确度和有效性,为猪后腿性状QTL的精细定位和分子辅助育种奠定基础。【方法】收集猪后腿腿臀质量,腿臀肉质量和腿臀比性状的QTL及其相关信息,利用BioMercator2.1,将原始QTL映射到美国肉畜研究中心(USDA-MARC 2.0)公布的猪遗传连锁图谱,构建新的整合图谱,分析得到QTL簇。进一步对各QTL簇进行Meta分析,定位"真实"QTL(MQTL),缩短95%置信区间,减少定位误差。【结果】收集了93个猪后腿性状的QTL及其相关信息,经比对、映射,构建了新的整合图谱,发现19个QTL簇。通过Meta分析,得到19个MQTL,其图距比原平均图距缩短16.19%～78.96%,其中,MQTL1、MQTL5、MQTL6、MQTL8、MQTL9、MQTL10、MQTL11、MQTL12和MQTL17等9个MQTL图距的缩短比例均超过50%。【结论】Meta分析得到的MQTL图距均有不同程度缩短,最小的仅1.75cM,缩短比例最大可达78.96%,提高了QTL定位的准确度和有效性。
- 刘璐苏玉虹王军赵会仁袁志发
- 关键词：QTLMETA分析
- 最大信息熵原理与群体遗传平衡被引量：60
- 2002年
- 建立了用最大信息熵原理推导群体遗传平衡定律的统一数学模型 ,并给出了模型的统一解 ,此解正是Hardy Weinberg定律所给出的平衡群体的基因型频率 ,说明当群体信息熵达到最大时 ,群体基因型频率不再变化 ,即达到“平衡”。这证明了最大熵分布就是Hardy Weinberg平衡分布。Hardy Weinberg平衡定律与最大信息熵原理的内在一致性说明 ,杂交和随机交配是一个不可逆过程 ,使群体基因型信息熵增大 ,无序性增加 ,而选择和近亲交配使群体的信息熵降低 ,有序性增加 ,育种过程实际就是调节群体信息熵的过程。信息熵的含义是表示一个概率分布的不确定性 ,最大熵原理意味着在一定的约束条件下 ,选择具有最大不确定性的分布 ,从而其分布是最为随机的。最大熵原理在信息、工程、天文、地理、图像处理、模式识别等自然科学和社会科学领域都有广泛的成功应用 ,本文从群体遗传学角度证明了这一原理具有普遍适用性。熵是描述系统状态的函数 ,而最大熵原理则表明了系统发展变化的趋势 ,系统的最终状态必然是熵增加至最大值的状态 ,对于任何系统都是如此。因此 ,群体遗传系统的平衡定律可以统一用最大熵原理进行判定和描述 :任意群体的基因型信息熵在随机交配世代传递时有不断增加的趋势 ;在一定约束条件下基因型信息熵达到?
- 汪小龙袁志发郭满才宋世德张全启包振民
- 猪肉嫩度相关QTL整合定位与基因关联分析研究被引量：5
- 2012年
- 为了优化猪肉嫩度相关数量性状位点（quantitative trait loci,QTL）,为基因的精细定位和克隆奠定基础,通过Meta分析,利用数学模型整合猪肉嫩度相关QTL,分析已知候选基因与MQTL的关联性。收集猪肉嫩度相关QTL,将其逐一映射到美国肉畜研究中心（USDA-MARC2.0）公布的猪遗传连锁图谱,构建整合图谱。进行Meta分析,得到精确性更高的MQTL,并将已知候选基因映射到整合图谱,比较候选基因与各MQTL的关联性。研究表明：99个猪肉嫩度相关QTL映射到参考图谱,构建成新的整合图谱。通过Meta分析,定位了16个MQTL,图距2.42~25.18cM,29.21%~93.18%。值得一提的是MQTL1和MQTL2,图距仅为2.42cM和3.22cM,且分别由9个和20个原始QTL聚合而成,有较高的研究价值。将FABP3、MYPN和ANK1基因映射到整合图谱,分别定位在MQTL5、MQTL12和MQTL16区间内,距离中心位置5.70cM、3.67cM和2.49cM,可将这些区间作为关键区域,开展基因精细定位和挖掘工作。
- 刘璐苏玉虹王军赵会仁袁志发
- 关键词：猪肉嫩度QTLMETA分析
- 小麦生态类型的判别分析被引量：1
- 1989年
- 本研究选用陕西省三大麦区多年大面积种植的16个代表品种,应用分类函数和典型判别二种方法,对其生态型分类进行了判别分析。结果表明:用穗粒数、每穗小穗数、秆/籽、千粒重、每株穗数这5个产量构成性状来进行生态型的划分是可行的,其中前三个性状判别能力最强。判别结果与品种生态地区来源基本相符。
- 张正斌王德轩宋哲民袁志发王民
