武拴虎
- 作品数：4 被引量：10H指数：3
- 供职机构：烟台大学计算机学院更多>>
- 发文基金：山东省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学自动化与计算机技术更多>>
- 一种基于聚类和统计分析DNA基因芯片图像处理算法被引量：3
- 2005年
- DNA基因芯片可以同时监控成千上万个基因的表达信息。图像分析是基因芯片试验中一个重要的环节,直接影响到其后续的处理、分析和研究,比如鉴别预测具有不同表达信息的基因功能。基因芯片图像分析包括三个步骤:图像网格化,图像分割以及信息抽取。该文主要研究分割和信息抽取问题。首先基于K-Means聚类技术提出了一种新的分割方法;其次基于统计分析文章建议了一种新的背景和前景分割校正方法用于更准确的信息抽取。新方法的优点是对于基因芯片中spot图像没有任何形状限制。实际图像分析结果与目前最流行的基因芯片图像分析软件GenePix对比研究表明该文算法是精确有效的。
- 武拴虎严洪
- 关键词：基因芯片图像处理聚类分析
- 牛亚科3个主要家养牛种MyoG基因多态性及其遗传分化被引量：3
- 2011年
- 对普通牛(鲁西牛、渤海黑牛)、天祝牦牛和中国广西水牛的MyoG基因部分核苷酸序列变异进行了分析,旨在揭示不同牛种群的DNA多态性及其遗传分化.采用PCR和DNA直接测序技术获得4个牛群体的MyoG基因exon 1和5’侧翼部分序列,与GenBanK公布的牛亚科动物同源序列作比对分析.结果显示,在渤海黑牛和牦牛未发现多态位点;鲁西牛存在1个多态位点,定义了2个单倍型;水牛有6个突变位点,但群内只发现1个多态位点.核苷核苷酸多样性(Pi)在0.000 00～0.001 35之间,说明群体内遗传多态性程度较低。核苷酸歧义度(Dxy)以水牛与鲁西牛之间比较最高,为0.013 97,表明水牛遗传分化明显.种系进化树分析表明,牦牛与普通牛亲缘关系很近,二者与水牛关系较远,支持将牦牛归为牛属(Bos)的一个亚属或一个种的观点.
- 王敏强苏培刘晓玲武拴虎张志强
- 关键词：普通牛MYOG基因遗传分化
- 鲁西黄牛和渤海黑牛MRF家族基因编码区DNA多态性分析
- 2011年
- 由鲁西黄牛和渤海黑牛主要产区随机采集牛颈静脉血样,采用酚-氯仿法提取基因组DNA,用覆盖基因序列全长的15对引物扩增MRF家族4个基因MyoD、MyoG、Myf5和Myf6并测序,应用相关分子生物学软件对测序结果进行分析,以揭示其DNA多态性。通过对154条序列测序、比对,共发现36个核苷酸突变位点,其中7个位点与已报道的相同,29个为鲁西黄牛和渤海黑牛所特有,简约信息位点26个。这些突变位点大多发生在内含子和UTR序列,CDS序列的组成和结构比较稳定。在MFR家族的4个基因中,MyoG核苷酸变异程度最高,Myf6最低。2个黄牛群体的单倍型多样性程度较高,鲁西黄牛群体DNA多态性高于渤海黑牛。结果提示2个地方黄牛群体含有丰富的遗传变异信息,对应用分子标记辅助选择技术培育中国特有肉牛品种具有重要的参考价值。
- 王敏强孙钦艳刘晓玲赵振军赵明日李倩武拴虎张志强
- 关键词：鲁西黄牛渤海黑牛DNA多态性
- 黄牛、牦牛和水牛MyoG基因单核苷酸多态性分析被引量：5
- 2011年
- 采用PCR-SSCP结合DNA直接测序技术,分析黄牛(鲁西牛、渤海黑牛)、牦牛和水牛肌细胞生成素基因(MyoG)外显子1和5′侧翼部分序列的DNA多态性,旨在揭示中国3个主要家养牛种的群体遗传变异并为开展分子育种提供试验依据。结果表明,鲁西牛和水牛群体存在SSCP多态性。序列分析结果显示,渤海黑牛和牦牛MyoG外显子1和5′侧翼部分序列与GenBank相应序列完全一致。鲁西牛在外显子1发生g.48 G→C颠换,由此形成GG、GC和CC 3种基因型,G、C等位基因频率分别为0.743 7、0.266 4;水牛分化明显,发生6处突变,位于g.-5 A→T颠换导致形成AA和AT 2种基因型,A、T等位基因的频率分别为0.825 0、0.175 0;另外5处突变发生在外显子1序列中,其中g.210 T→C颠换是水牛特异性的限制性酶切位点。所有突变均发生在三联体密码子的第3位,且均为同义替代。编码氨基酸在4个牛群体间完全一致。推测鲁西牛MyoG基因外显子1的g.48 G→C突变可能是一个与生长发育性状存在一定相关性的潜在SNP位点。
- 王敏强苏培刘晓玲赵振军武拴虎张志强李倩
- 关键词：黄牛水牛牦牛肌细胞生成素基因
