申志勇
- 作品数：5 被引量：45H指数：3
- 供职机构：军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：生物学自然科学总论更多>>
- TPM:基于Taverna的PCR引物设计与评估工作流系统被引量：2
- 2009年
- PCR引物设计是PCR实验中关键而重要的一步,而引物的特异性情况直接影响着PCR实验的成败.首先,设计了基于多因素(序列相似性,引物3′末端自由能,Tm等)的PCR引物特异性评估工具-MFEprimer;其次,在MFEprimer的基础上,结合引物设计软件primer3,在Taverna工作流平台上构建了PCR引物设计(primer3)与评估(MFEprimer)一体的工作流系统-TPM(Taverna-Primer3-MFEprimer),实现了从引物设计到评估的自动化分析流程,使用简单方便.
- 屈武斌杭兴宜申志勇李稚锋张成岗杨毅
- 关键词：TPMPCR引物设计工作流系统工作流平台自由能
- PCR引物特异性核查系统(PSC)的构建与应用被引量：4
- 2010年
- 聚合酶链式反应(PCR)虽已广泛用于分子生物学研究中,然而PCR实验中的非特异性产物问题将直接影响PCR的效率,在多重PCR实验中更是如此。为了最大限度地降低非特异性产物的出现率,同时避免用户频繁使用Blast比对检查非特异性,我们开发了基于NCBI-Blast的引物评估和模板DNA特异性结合能力评估的核查系统PSC(Primer Specificity Checking,http://biocompute.bmi.ac.cn/PSC),并基于虚拟PCR实验确定了用于引物质量核查计算的多种参数,能够在线提供多个物种的引物特异性核查结果。该系统可以有效地对引物序列可能产生的所有非特异性扩增进行预测,有助于实验前引物优化或者对非特异扩增结果进行解释,最终达到提高PCR效率的目的。
- 申志勇屈武斌李稚锋杭兴宜张成岗
- 关键词：引物多重PCR
- PCR引物特异性评估体系及多重PCR引物设计系统的构建与应用
- 虽然聚合酶链式反应/(PCR/)技术已被广泛地用于大量生物医学研究,但是PCR过程中常见的非特异性扩增反应,一直是该技术的一个难点,严重影响了PCR的效果,特别是在多重PCR实验中,由于多个引物与模板DNA在一个试管中反...
- 申志勇
- 关键词：多重PCR
- 文献传递
- 真核生物中的“双重编码”现象被引量：1
- 2009年
- 双重编码(dual coding)是指一段mRNA序列同方向上存在两个开放阅读框架,从而可编码不同氨基酸序列的现象.双重编码现象在原核生物、噬菌体和病毒中作为一种可有效利用基因组的方式而普遍存在.新近报道,在真核生物中也存在双重编码现象,对于认识真核生物基因表达调控的机制提供了新的信息.
- 申志勇李稚锋杭兴宜张成岗
- 关键词：开放阅读框架真核生物
- 利用MPprimer设计引物并优化扩增条件以提高多重PCR效率的实验研究被引量：27
- 2010年
- 多重PCR技术广泛应用于多个研究领域,其中引物设计及扩增条件是提高多重PCR实验效率的关键因素.为探讨优化多重PCR实验的方法,以小鼠5个看家基因为研究对象,使用实验室新近开发的MPprimer程序设计多重PCR引物,并通过改变多种反应条件来优化多重PCR实验.结果表明,MPprimer程序能够设计出理想的多重PCR引物,并且通过对退火温度及延伸时间进行优化,可显著提高多重PCR实验效率,对于提高基因表达的规模化检测能力具有积极的促进作用.
- 王稳屈武斌申志勇任长虹刘虎岐张成岗
- 关键词：PCR多重PCR引物设计
