李凌
- 作品数：4 被引量：21H指数：2
- 供职机构：中国农业科学院烟草研究所更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 基于基因组的绒毛状烟草和林烟草microRNA及其靶基因分析被引量：1
- 2014年
- 【目的】填补绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformis)和林烟草(Nicotiana sylvestris)在miRNA相关领域的研究空白,揭示普通烟草(Nicotiana tabacum)的生长发育调控机理。【方法】在绒毛状烟草和林烟草全基因组中预测并分析miRNA及其靶基因,通过同源比对及miRNA前体二级结构特征进行预测:参考序列在绒毛状烟草和林烟草基因组的比对中,允许最多1—2个错配;miRNA二级结构为经典茎环结构,其中MEF最大值为-25,MEFI最小值为0.85,预测的miRNA与已知的同一家族的miRNA位于发夹结构的同一条臂上;去除E值小于等于1e-6的编码蛋白的序列。【结果】在绒毛状烟草中得到39个家族的162条miRNA,包括14对正/反义miRNA和5个基因簇。在林烟草中得到40个家族的169条miRNA,包括13对正/反义miRNA和3个基因簇。2个野生烟草在保守度高的miRNA家族中,其成员分布相似,且成员数相近。在保守度相对较低的家族中,2个野生烟草其成员分布差异较为明显,其中,miR5021、miR5203等9个家族仅在绒毛状烟草中有成员,miR1446、miR1509等10个家族仅在林烟草中有成员。2种野生烟草的正义miRNA与反义miRNA都有着1—4个碱基差异,这些差异位点在不同的家族中呈现出偏好性,而且在2种野生烟草中偏好性相似:miR164家族的9、12、13个碱基处,miR172家族的1、21个碱基处,miR396家族的2、17个碱基处,miR399家族的15、20个碱基处。2种野生烟草的基因簇主要是由miR156、miR169家族组成,其前体的间距小于350 nt,同时在绒毛状烟草中首次发现miR6019/miR6020基因簇。以普通烟草的unigene数据库作为靶基因集进行预测与分析,在绒毛状烟草122条miRNA中得到749个靶基因,去掉重复基因得到非冗余靶基因206条,其中89条(43%)得到GO功能注释;在林烟草中117条miRNA得到650个靶基因,去掉重复基因得到非冗余靶基因169条,其中78条(46%)得到GO功能注释。在分子功能方面,大多数靶�
- 李凌张磊晁江涛龚达平李凤霞王倩丁安明陈雅琼孙亭亭孙玉合
- 关键词：MIRNA生物信息学基因组
- 烟草miRNA分析及FISH体系的探索
- 作为普通烟草（Nicotiana tabacum）的祖先种，二倍体体野生烟草绒毛状烟草（Nicotianatomentosiformis）和林烟草（Nicotiana sylvestris）的基因组信息已经公布。为补充绒...
- 李凌
- 关键词：烟草MIRNAFISH
- 文献传递
- 植物PPR蛋白家族研究进展被引量：13
- 2014年
- PPR(pentatricopeptide repeat)是一种三角状五肽重复结构域,具有该结构域的蛋白质家族是植物最大的蛋白家族之一,其在植物生长发育过程中发挥着广泛而且至关重要的作用。大部分PPR蛋白N端具有线粒体或叶绿体定位序列,是研究植物核质互作的理想模型。本研究从结构特征、亚细胞定位、组织结构和表达特点等方面总结了PPR蛋白的主要特征,归纳了其在叶绿体和线粒体RNA加工、细胞质雄性不育恢复、胚胎发育等作用机理方面的研究进展,分析了其家族进化关系,并对研究中存在的问题及可能的研究方向进行了展望。
- 丁安明屈旭李凌孙玉合
- 关键词：植物生长发育
- 番茄PPR基因家族的鉴定与生物信息学分析被引量：11
- 2014年
- PPR(Pentatricopeptide repeats)基因家族在植物中广泛存在,其在植物生长发育过程中至关重要。文章采用生物信息学方法,利用Pfam已鉴定的PPR保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)基因组计划注释的蛋白序列,最终确定了番茄中可能存在的471个PPR编码基因;根据拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)中鉴定的各个结构域的特点对其进行了蛋白结构分析、分类和保守序列分析,并对番茄PPR基因家族进行了系统进化树构建、染色体定位、亚细胞定位预测、表达和GO分析等。结果表明:番茄PPR基因家族分为P和PLS两个亚家族,各占序列数目的一半,PLS亚家族又分为PLS、E、E+和DYW四类,且在进化树中形成不同的分支;各个结构域在植物中非常保守;PPR基因家族分布在番茄12条染色体上,且多数无内含子结构;大部分PPR蛋白具有线粒体或叶绿体定位序列,GO分析表明PPR蛋白参与RNA相关的生物学过程。
- 丁安明李凌屈旭孙亭亭陈雅琼宗鹏李尊强龚达平孙玉合
- 关键词：番茄生物信息学
