李婧 作品数:38 被引量:173 H指数:6 供职机构: 上海交通大学生命科学技术学院 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 黑龙江省青年科学基金 上海市科技兴农重点攻关项目 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 医药卫生 自动化与计算机技术 更多>>
动物数量性状单倍体型分析及其应用 动物数量性状基因座(QTL)分析中存在着很多问题:一是一个QTL中可能有多个SNP位点;二是多个QTL可能同时影响一个性状;三是因为一个性状可能涉及众多QTL且易受环境影响而使一个基因效应较小、难以检测;四是QTL在被用... 潘玉春 李婧关键词:QTL 候选基因 单倍体型 文献传递 大型船体焊接变形仿真技术研究及其应用——50000T多用途船货舱双层底结构焊接变形预测 焊接是船舶制造最主要的加工手段,焊接水平的高低在很大程度上决定了船体的质量和生产效率,而焊接变形又是焊接过程中最难控制的一环。焊接变形的存在不仅造成了焊接结构形状变异,尺寸精度下降和承载能力降低,而且在工作荷载作用下引起... 李婧文献传递 人类基因组单核苷酸多态性和单体型的分析及应用 被引量:47 2005年 单核苷酸多态性是人类基因组中最丰富的遗传变异。单体型是指位于一条染色体上或某一区域的一组相关联的SNP等位位点,单体型已经成为近年来人类遗传研究的组成部分。人类基因组单体型图(HapMap)计划的目标就是构建人类DNA序列中多态位点的常见模式,找出代表整个人类基因图谱之中的SNP集合的标签SNP。在复杂性疾病研究中,由多个变异位点组合构成的单体型分析优于单个SNP的分析。文章论述了SNPs、基因型、表现型的定义与HapMap计划的一些情况,综述了单体型的3种推断算法和单体域的不同定义与构建方法,同时介绍了标签SNP的选择及单体型与复杂疾病关联分析的方法,可利用公共SNP数据库的情况以及SNPs与单体型在复杂疾病与药物反应方面的应用。 李婧 潘玉春 李亦学 石铁流关键词:SNPS 单体型 复杂性疾病 民猪保种群产仔数基因、基因型分布变化分析 被引量:4 2005年 本文检测了2002年民猪保种群中,雌激素受体(ESR)基因和促卵泡素β亚基(FSHβ)基因的基因与基因型分布,并将其与2000年保种群的检测结果进行了比较。结果表明:与2000年保种群相比较,两个基因的基因、基因型分布均发生了变化,意味着民猪的产仔性能也发生了变化,这同已有报道的生产性能统计结果相符。因为2000-2002年期间,群体只有部分个体更新,所以尽管上述频率变化经检验部分差异不显著(P>0.05),仍说明群体遗传结构发生了一定变化。这两个基因分布的检测分析可以作为标记辅助保种的参考依据。 李婧 孟和 杨润清 潘玉春关键词:基因频率 民猪 ESR与PRLR基因对民猪产仔数的影响 被引量:37 2003年 采用PCR -SSCP ,检测ESR与PRLR基因的多态性 ,并采用混合模型统计了基因型与表型值 (产仔数 )的相关性 ,分析了民猪ESR与PRLR基因各基因型及其合并基因型对民猪产仔数性状的影响。结果表明 :就民猪总产仔数、活产仔数的最小二乘均值而言 :ESR基因基因型间 ,AB型较AA和BB高 ,差异不显著 (P >0 .0 5 ) ;PRLR基因基因型间 ,AA >BB >AB ,差异也不显著 (P >0 .0 5 ) ;两基因的互作效应显著 (P <0 .0 5 ) ,其中ESR与PRLR基因的合并基因型AAAA为最佳的合并基因型 (P <0 .0 5 )。 李婧 孟和 李长龙 孙立彬 潘玉春关键词:民猪 ESR PRLR 合并基因型 产仔数 猪雌激素受体基因单体型的分离鉴定方法 本发明涉及一种猪雌激素受体基因单体型的分离鉴定方法,属于家畜分子生物学技术领域。方法的步骤包括,提取猪的基因组DNA,猪雌激素受体基因的PCR聚合酶链式反应扩增,扩增产物的多态性检测,单体型的构建及其与猪繁殖性状的相关性... 潘玉春 王起山 于丹丹 李婧 白春艳文献传递 小鼠bHLH转录因子家族预测及其大脑调控网络的构建 基因的表达调控是功能基因组研究的一个核心组成部分。转录因子与DNA顺式元件相结合,进而激活下游靶基因是转录反应发生和基因表达的关键步骤之一。很多的疾病被发现与转录因子的变异有关,这也可能是由转录因子变异引起的调控网络的变... 李婧关键词:调控网络 小鼠 文献传递 网络资源链接 猪单胺氧化酶A蛋白编码序列 一种猪单胺氧化酶A蛋白编码序列,用于基因工程领域。具有SEQ ID NO.1中从第40-1623位的核苷酸序列,其同人、小鼠、牛、狗的单胺氧化酶A蛋白编码序列同源性为91.26%。具有SEQ ID NO.1所示的氨基酸序... 潘玉春 白春艳 孟和 赵威 李婧文献传递 HBV相关肝癌组织中微生物宏蛋白质组特征分析 被引量:2 2021年 越来越多的证据表明微生物菌群和肝脏疾病有着密切联系,但是HBV相关肝细胞癌(hepatitis B virus(HBV)-related hepatocellular carcinoma,HCC)人群肝脏组织内的微生物菌群种类和数量仍不清楚。本研究对来自165个HCC人群的肝癌组织和对应癌旁组织的质谱数据进行宏蛋白质组学层面的鉴定。结果显示,在肝癌组织中,绿弯菌门(Chloroflexi)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、黄单胞菌目(Xanthomonadales)、军团菌目(Legionellales)、颤藻目(Oscillatoriales)等微生物菌群数量出现显著上调。通过将鉴定的微生物蛋白质比对到COG(Clusters of Orthologous Groups)数据库来进行注释,本研究还发现了许多在肝癌组织中高表达的微生物功能分类。对比健康人群的肝脏组织的宏蛋白质组鉴定结果,本研究发现在HCC人群的肝脏组织中,变形菌门(Proteobacteria)的含量降低,厚壁菌门(Firmicutes)的含量升高。这项研究可以对肝脏微生物菌群的失调与HCC发生之间的研究提供更多启发。 朱良全 常亚飞 李婧关键词:乙肝病毒 微生物 蛋白质质谱数据缺失值填补方法的比较与评估 被引量:1 2021年 基于质谱数据的蛋白质定量分析一直是目前高通量蛋白质组学的重要研究手段。但是基于现有质谱技术的限制,大规模蛋白质定量过程中往往会产生大量的缺失值,这在一定程度上影响了下游分析的准确性。尽管很多缺失值填补方法被不断提出,但是蛋白质组学领域对于不同情况下缺失值填补方法效力的综合评估仍然缺乏。本研究基于真实数据的分布特征,构建模拟数据集,在样本量、效应值以及缺失比例这三个维度上,综合评估了kNN、SVD、MLE、BPCA、LLS、Min、QRILC、Mean这8种缺失值填补方法的效力。结果显示,填补效力与样本量和效应值呈正相关,也与缺失比例呈负相关。同时,还发现在不同数据集中填补方法的效力有所差异,研究者需要根据数据集特征和自身需求选择适合的填补方法。本研究总结了不同数据集特征下的最优填补方法,供研究者进行参考和使用。 郭益浩 李婧关键词:蛋白质组学 缺失值