曾鑫
- 作品数：3 被引量：5H指数：1
- 供职机构：重庆邮电大学生物信息学院更多>>
- 发文基金：重庆市自然科学基金国家自然科学基金重庆市教委科研基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 茎瘤芥根和茎组织转录组比较分析被引量：3
- 2013年
- 茎瘤芥是十字花科芸薹属植物的变种.本研究在前期的转录组测序和数字基因表达谱(DGE)测序的基础上进一步对榨菜的根组织进行了测序和分析.通过高通量RNA-Seq测序我们获得了高质量的数字基因表达谱数据超过一千万条,其中有约71%能比对到参考基因序列上.我们将根组织的数字基因表达谱数据与榨菜瘤茎膨大过程中的3个时期的数字基因表达谱数据进行了比较,获得了共有的(3组差异表达基因的交集)差异表达基因共3594个,对这些差异表达基因的表达趋势可以分为8个簇.同时对这些差异基因进行代谢途径的功能注释,发现这些差异表达基因除了在光合作用相关的途径外,主要分布在细胞壁的合成、降解以及二级代谢如类黄酮代谢等途径方面.通过对榨菜根组织的转录组测序,我们筛选得到了部分榨菜根与茎的差异表达基因,这些基因可能与榨菜的瘤茎膨大有关.
- 孙全蔡应繁何晓红曾鑫江怀仲王微娜
- 关键词：茎瘤芥转录组测序差异表达分析
- 鸡GDE4编码基因的克隆与分析被引量：1
- 2013年
- 为了揭示鸡甘油磷酸二酯磷酸二酯酶4(GDE4)的结构和功能,采用逆转录PCR的方法克隆了其编码cDNA序列,并对其进行了详尽的生物信息学分析。结果表明,鸡GDE4编码cDNA含有939个核苷酸,编码312个氨基酸;鸡GDE4具有典型甘油磷酸二酯酶蛋白结构域,是一种跨膜蛋白;GDE4是一种进化保守蛋白,在物种间具有较高的一致性;鸡GDE4的三维结构与磷酸丙糖异构酶桶状结构域结构相似,并且其催化位点位于其中。
- 曾鑫常平安李月华曲绮雯杨雪娇黄飞飞
- 甘油磷酸二酯酶家族蛋白的分子进化被引量：1
- 2015年
- 甘油磷酸二酯酶(glycerophosphodiesterrase,GDE)是原核和真核生物中高度保守的一类酶,然而不同物种存在不同数量的蛋白成员。本文以8种模式生物的甘油磷酸二酯酶家族蛋白为基础,通过邻接法构建该家族的进化树,以了解GDE家族成员的进化关系。采用多序列比对、RNA剪接位点(外显子/内含子)分析以及跨膜结构域预测对所建树进行信息挖掘。通过上述方法,提出并初步验证了GDE家族分为3个亚族的观点,即第一亚族为GDE5,第二亚族包括GDE4和GDE7,第三亚族含有GDE1、GDE2、GDE3、GDE6四个成员。
- 孙兰茜常平安曾鑫韩丽萍冉凤王超颖王玲黄飞飞
- 关键词：分子进化
