王秀鹤 作品数:3 被引量:5 H指数:1 供职机构: 国防科学技术大学计算机学院并行与分布处理国家重点实验室 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 更多>> 相关领域: 生物学 自动化与计算机技术 更多>>
基于分组重量编码的蛋白质功能预测 被引量:1 2007年 从蛋白质序列出发,采用分组重量编码(Encoding Based on Grouped Weight,简记EBGW),并结合最近邻居算法对蛋白质功能进行预测。对酵母(Saccharomyces cerevisiae)蛋白质的1826条序列进行预测,整体预测准确率与其他基于序列信息的蛋白质功能预测方法相当。实验结果表明基于EBGW编码方案的新方法可有效地应用于蛋白质功能预测。 王秀鹤 王正华 王勇献 张振慧关键词:分组重量编码 蛋白质功能预测 基于相互作用的蛋白质功能预测 被引量:4 2007年 蛋白质功能预测是后基因时代研究的热点问题。基于相互作用的蛋白质功能预测方法目前应用比较广泛,但是当"伙伴蛋白质"(interacting partners)数目k较小时,其预测准确率不高。从蛋白质相互作用网络入手,结合"小世界网络"特性,有效解决了k较小时预测准确率不高的问题。对酵母(Saccharomyces cerevisiae)蛋白质的相互作用网络进行预测,当k≤4时其预测准确率比相同条件下的GO(global optimization)方法有一定提高。实验结果表明:该方法能够有效的应用于伙伴蛋白质数目较小时的蛋白质功能预测。 王正华 王秀鹤 王勇献 张振慧关键词:蛋白质功能预测 蛋白质相互作用 小世界网络 基于序列和相互作用的蛋白质功能预测 蛋白质组学研究是后基因时代生物信息学中最重大的研究课题之一,蛋白质功能预测是蛋白质组学富有挑战性的问题之一。它的研究不仅可以直接阐明生命体在生理或病理条件下的变化机制,而且对生物制药、农业生物科技等应用领域同样具有直接的... 王秀鹤关键词:蛋白质功能预测 蛋白质-蛋白质相互作用 分组重量编码 小世界网络