冯丹
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：四川师范大学化学与材料科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金四川省教育厅自然科学科研项目更多>>
- 相关领域：理学生物学更多>>
- 含亚胺和胆甾烯基液晶分子的电子光谱和二阶非线性光学性质被引量：1
- 2010年
- 在B3LYP/6-31G水平上研究了含亚胺和胆甾烯基不对称液晶二聚体的几何结构、电子吸收光谱和二阶非线性光学性质。研究结果表明,该类化合物分子的最强电子跃迁主要源于分子HOMO→LUMO的π→π＊跃迁,对应的最大吸收波长位于337-349 nm范围,属于近紫外区。减小分子的中心柔性间隔基的长度和提高端接基的吸电子能力可以增强该类液晶的二阶非光学性质。
- 林雪冯丹张荣红李权赵可清
- 关键词：电子光谱二阶非线性光学性质亚胺基密度泛函理论
- 碱基对在DNA双螺旋链上分离的自由能计算（英文）
- 2016年
- DNA是大部分生物包括病毒的基因载体。DNA双螺旋链通过A=T和G≡C两种碱基对编码实现对遗传信息的存储。碱基对中的相互作用对DNA双螺旋链的稳定性起到重要作用,直接关系到基因的复制和转录。当前研究中,我们构建了四组不同结构的DNA双螺旋链,进行了总共4.3μs的分子动力学模拟。通过伞形取样技术计算了DNA双螺旋链中碱基对分离的自由能曲线,并从分子尺度细节和相互作用能对自由能曲线进行解析。在碱基对G≡C的自由能曲线(PMF-PGC)上观察到三个峰,通过监测氢键数目的变化发现分别对应于G≡C三个氢键的断裂;而在A=T的自由能曲线(PMF-PAT)上只出现一个峰,说明A=T的两个氢键在分离过程中几乎同时断裂。PMF-PGC的总能垒比PMF-PAT高,主要是因为G≡C比A=T多一个氢键,更稳定。两条曲线的后段自由能仍然升高,而此时碱基对的氢键已断裂,这是DNA链骨架刚性所导致。我们还研究了碱基对稳定性受相邻碱基对的影响,发现邻近G≡C碱基对会增强A=T的稳定性,C≡G会削弱A=T的稳定性,T=A对A=T的影响较小。
- 伍绍贵冯丹
- 关键词：氢键分子动力学模拟
