国家重点基础研究发展计划(2009CB118906) 作品数:21 被引量:94 H指数:4 相关作者: 许煜泉 黄显清 周明国 张雪洪 李赛男 更多>> 相关机构: 上海交通大学 南京农业大学 上海师范大学 更多>> 发文基金: 国家重点基础研究发展计划 国家自然科学基金 国家高技术研究发展计划 更多>> 相关领域: 生物学 农业科学 理学 语言文字 更多>>
铜绿假单胞菌M18rsmY突变株的构建及其对PCA和Plt的区别性调控 被引量:1 2012年 【目的】在假单胞菌中,小RNA(sRNA)参与初级和次级代谢产物、多种毒素因子以及菌群传感系统的调控,通过在植物根际促生铜绿假单胞菌M18中研究RsmY对吩嗪-1-羧酸(PCA)和藤黄绿菌素(Plt)两种抗生素的调控作用,深入了解假单胞菌中次级代谢的途径并为构建高产抗生素工程菌株提供了一定的理论基础。【方法】运用同源重组技术,构建了铜绿假单胞菌M18株的rsmY突变菌株M18RY,通过基因过表达、lacZ报告基因融合分析实验,进一步验证了RsmY对抗生素合成基因的调控作用。【结果】比较野生型M18和突变株M18RY中PCA和Plt在同一培养条件下的生物合成量,突变菌株M18RY中PCA的产量显著增加,为野生型菌株的5倍左右,而Plt的产量降为野生型的1/8。LacZ报告基因融合分析进一步证明了RsmY对PCA的负调控作用主要是通过phz2基因簇来实现的。【结论】结果表明,rsmY基因区别性调控PCA和Plt的生物合成。 贾艳梅 任斌 许煜泉关键词:藤黄绿菌素 灵芝活性成分的毛细管电泳快速分离检测 建立了一种毛细管区带电泳的分离模式同时分离检测4种灵芝酸(灵芝酸T、灵芝酸Mk、灵芝酸Me、灵芝酸S)的新方法。为获得最合适的分离度和检测时间,对缓冲液pH及浓度、添加剂种类及浓度、操作电压等条件进行逐步优化。在最优实验... 丁娜 黄杉生 钟建江 樊柳荫 张薇 曹成喜关键词:毛细管区带电泳 灵芝酸 文献传递 在大肠杆菌和沙门氏菌中整合位点为tmRNA的串联基因岛的模式和整合的时序性 2011年 tmRNA是部分tRNA和一小段mRNA的结合体,已被证明是作为基因水平转移产物之一的基因岛的整合位点.我们通过序列比对和比较基因组学的方法确定了散布在肠杆菌科的13个属中整合位点为tmRNA的68个基因岛,其中53个基因岛属于大肠杆菌(Escherichia coli)和沙门氏菌(Salmonella enterica).在这53个基因岛中,S.enterica subsp.enterica serovar Agonastr.SL483等8个基因组,E.coliS88和E.coliO55:H7str.CB9615中发现了2个及以上连续的基因岛,即形成了串联基因岛.其中,S.enterica subsp.enterica serovar Typhimurium SL1344中发现在该位点有3个连续的基因岛组成的串联基因岛.通过在大肠杆菌和沙门氏菌已测序的基因组中分析整合位点为tmRNA的可变区,发现大多数的基因组除了在可变区中包括了基因岛区之外,还有一段残余的可变区.确定了串联基因岛进入基因组的时间顺序,即远离tmRNA的基因岛先于靠近tmRNA的基因岛整合进入该基因组中.上述的基因岛中整合酶主要有3种类型,分别是HP1整合酶,PhiCTX整合酶和P4整合酶,以P4整合酶所占的比例最多.在串联基因岛中,远离tmRNA的基因岛中的整合酶是P4整合酶,其次是PhiCTX整合酶,最靠近tmRNA的基因岛所用的整合酶是HP1整合酶,由此可以得出tmRNA是研究串联基因岛的遗传与进化的重要位点的结论. 宋磊 姜彦竹 张雪洪关键词:TMRNA Chronology and pattern of integration of tandem genomic islands associated with the tmRNA gene in Escherichia coli and Salmonella enterica 2011年 tmRNA,a combination of a tRNA-related fragment and a small mRNA fragment,was confirmed as the integration site of genomic islands(GIs).Using sequence alignment and comparative genomics,68 GIs associated with tmRNA genes were identified among 13 genera of Enterobacteriaceae.Among them,53 GIs were found in Escherichia coli and Salmonella enterica.Among these 53 GIs,tandem GIs were verified in eight S.enterica and two E.coli chromosomes.The downstream regions of the tmRNA genes in most of the E.coli and S.enterica chromosomes include one GI or tandem GIs region and a remnant variable region distal to the tmRNA.The chronology of integration of tandem GIs into the genome indicated that GIs farther from the tmRNA were incorporated into the genome earlier than those nearer from the tmRNA.The integrases of the tmRNA gene-associated GIs can be further categorized into three subtypes:HP1 integrases,PhiCTX integrases,and P4 integrases,which are the most predominant.The GIs were first integrated into the chromosome by the P4 integrase,subsequently by the PhiCTX integrase,and finally by the HP1 integrase.Thus,the tmRNA gene is an important site for investigating the genetics and evolution of tandem GIs. SONG Lei JIANG YanZhu ZHANG XueHong关键词:比较基因组学 TMRNA 整合位点 群岛 假单胞菌株M18 psrA突变株的构建及其对吩嗪-1-羧酸和藤黄绿菌素合成的调控 被引量:3 2012年 【目的】假单胞菌M18是一株能同时合成吩嗪-1-羧酸(PCA)和藤黄绿菌素(Plt)两种抗生素的植物根际促生细菌。PsrA为细菌TetR家族转录调控因子。为了研究PsrA对PCA与Plt生物合成的影响,从M18菌株基因组中扩增psrA基因。【方法】通过同源重组技术,构建庆大霉素抗性片段置换psrA的突变菌株M18psrA。利用基因互补、lacZ报告基因融合分析实验,验证PsrA对抗生素合成基因的调控作用。【结果】在PPM和KMB培养基中,分别比较野生型菌株M18和突变菌株M18psrA的PCA与Plt产量,突变菌株M18psrA的PCA产量显著下降;Plt产量显著升高,为野生型菌株的10-15倍。基因互补、lacZ报告基因融合分析,进一步证明了psrA正调控PCA的phz2合成基因簇,负调控Plt的合成基因簇。【结论】PsrA区别性调控抗生素PCA与Plt的生物合成。 王国昊 魏雪 李赛男 黄显清 许煜泉关键词:假单胞菌株M18 吩嗪-1-羧酸 藤黄绿菌素 GacA对假单胞菌株M18两个phz基因簇和菌群传感的调控 被引量:1 2009年 【目的】假单胞菌株M18(Pseudomonassp.M18)是从甜瓜根际土壤中分离获得的一株对多种植物病原菌具有显著拮抗作用的菌株,在菌群传感(quorumsensing)系统的调控下,能分泌吩嗪-1-羧酸(PCA)以及多种吩嗪(phz)类衍生物的抗真菌物质。全局性因子GacA是M18菌株吩嗪类物质的合成与菌群传感系统的重要调控因子,本文将就GacA对上述两者的调控做进一步研究。【方法】PCR基因扩增和测序研究M18菌株中PCA合成基因簇,运用RT-PCR及构建phzA-lacZ转录融合手段研究M18菌株中两个phz基因簇各自的转录特征以及受全局性因子GacA的调控作用,运用翻译融合手段进一步研究M18菌株中GacA对菌群传感系统的调控作用。【结果】M18菌株的染色体中存在着两个PCA合成基因簇phzA1-G1和phzA2-G2,与铜绿假单胞菌株(P.aeruginosa)PAO1的一致性达99%。但是,M18菌株phzA2-G2基因簇下游的非编码区与PAO1菌株不同,存在着三段单位长度为144 bp的重复序列;在野生菌株M18中,phzA1-G1的转录水平明显高于phzA2-G2,GacA促进phzA1-G1转录,抑制phzA2-G2转录,区别性地调控两个phz基因簇的转录,GacA在整体上抑制phz基因簇的转录,与PAO1菌株中,GacA对phz的调控方式相反;gacA基因突变对菌群传感系统中lux家族基因中的lasI表达量无显著影响,但正调控las系统下游的rhlI表达量,GacA对phz基因簇表达的调控部分通过菌群传感系统实现。【结论】在M18菌株和PAO1菌株中,GacA对吩嗪类产物合成的调控方式相反,对菌群传感系统的调控也存在着差异性,这些差异可能是两个菌株在各自不同生境下长期进化的结果。 史鸣奇 李雅乾 王沂 黄娇芳 黄显清 许煜泉关键词:吩嗪-1-羧酸 GACA 假单胞菌株M18 假单胞菌M18中藤黄绿菌素合成限速酶基因的鉴定及表达优化 被引量:1 2012年 【目的】假单胞菌株M18中负责抗真菌剂藤黄绿菌素(Plt)合成的结构基因包括pltLABCDEFG、pltM。为了鉴定Plt合成限速酶的基因,分别将9个结构基因过表达。【方法】以M18菌株染色体DNA为模板,PCR扩增这9个Plt合成基因的编码区,分别克隆到穿梭载体pME6032的tac启动子下游,构建9个结构基因的过表达载体,并转入假单胞菌株M18中。在KMB培养基中进行Plt发酵分析。【结果】分别携带pltC、pltD、pltF过表达载体的菌株与携带空质粒的菌株相比,Plt产量分别提高了96%、78%、75%。对重组菌株进行IPTG诱导浓度和诱导时间的优化,确定IPTG最佳诱导浓度为1.0 mmol/L,最佳诱导时间为培养6 h。【结论】pltC、pltD、pltF分别编码的Ⅰ型聚酮合成酶、卤化酶、乙酰CoA合成酶可能为Plt生物合成的限速酶。按照优化条件发酵,携带pltD、pltF过表达质粒的菌株产量分别上升77.5%、159.1%。 李赛男 李慷 王姝芸 王国昊 黄显清 许煜泉关键词:藤黄绿菌素 限速酶 Bacillus subtilis NJ-18菌株对番茄早疫病菌的颉颃作用研究 被引量:12 2009年 采用杯碟法测定表明,枯草芽孢杆菌Bacillus subtilisNJ-18菌株对番茄早疫病菌Alternaria solani的菌丝生长有强烈颉颃作用,抑菌带宽度为21.5mm。NJ-18的培养滤液能使A.solani菌丝肿胀畸形。利用利福平抗性标记证明NJ-18能够在番茄根、茎、叶内定殖,土壤浇灌30d后,NJ-18在番茄根茎内定殖的菌量仍然达到103CFU/g植株鲜重。NJ-18发酵液喷施处理盆栽番茄苗后接种,14d后对番茄早疫病的防治效果为72.9%,显著高于50%异菌脲2000倍液的防效45.7%。 杨冬静 王建新 周明国关键词:番茄早疫病菌 枯草芽孢杆菌 生物防治 定殖 假单胞菌M18 relA突变株的构建及其对吩嗪-1-羧酸合成的调控 被引量:1 2011年 假单胞菌M18是一株能同时合成吩嗪-1-羧酸(PCA)和藤黄绿菌素两种抗生素的植物根际分离细菌。RelA催化合成的效应分子ppGpp能介导细菌因营养饥饿引起的应激反应。以M18菌株染色体DNA为模板,PCR扩增获得relA基因,通过庆大霉素抗性片段插入失活与同源重组技术,构建假单胞菌M18的relA突变菌株M18RAG。在PPM培养基中进行PCA发酵分析,发现突变菌株M18RAG的PCA产量显著升高,约为野生型菌株的1.5-2倍。relA基因反式互补实验以及phzA′-′lacZ翻译融合测定结果,均进一步证明了RelA对PCA生物合成及其基因表达具有抑制作用。 王金英 张明月 王国昊 魏雪 李雅乾 黄显清 许煜泉关键词:假单胞菌M18 吩嗪-1-羧酸 天然吩嗪化合物的生物合成 被引量:5 2010年 吩嗪化合物种类繁多,天然吩嗪化合物多具有广谱的抗菌、抗肿瘤活性,在医药、农业等领域有着广泛的应用。天然吩嗪化合物主要由假单胞菌和链霉菌等微生物产生,而莽草酸代谢途径、莽草酸代谢替代途径和吩嗪修饰途径为普遍公认的吩嗪的生物合成途径。 屈丽 刘宏志 胡洪波 张雪洪关键词:假单胞菌 链霉菌 生物合成途径