云南省应用基础研究基金(2007C0003Z)
- 作品数：68 被引量：341H指数：12
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- 相关机构：云南农业大学云南大学云南农业职业技术学院更多>>
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- 水牛、大额牛和牦牛抑制素α亚基编码基因外显子1多态性分析
- 2012年
- 为了揭示牛科物种INHA基因的遗传特征,该文采用PCR产物直接测序法对水牛、大额牛和牦牛INHA基因外显子1及其侧翼序列进行多态性检测,并结合已发表的包括牛科物种在内的一些哺乳动物数据进行了比较分析。结果表明,在水牛INHA基因外显子1中存在c.73C>A替换,为同义替换,河流型和沼泽型水牛编码产物一致;在大额牛的INHA基因外显子1中发现c.62C>T、c.187G>A替换,分别引起INHA中氨基酸发生p.P21L、p.V63M改变,两者均为相同性质氨基酸的替换;在牦牛中发现c.62C>T、c.129A>G替换,前者也引起编码氨基酸发生p.P21L替换,后者为同义替换。在INHA基因5'侧翼区所测出的序列中,水牛、大额牛和牦牛等物种内均未发现SNP位点,但在种间发现存在c.-6T>G的替换,大额牛、牦牛和普通牛均为c.-6G,而水牛为c.-6T。在INHA基因内含子中,水牛的第31～36位核苷酸处发现有6个碱基的缺失,即c.262+31_262+36delTCTGAC;该位点在河流型水牛中野生型(+/+)占主体,而在沼泽型水牛中则缺失型(-/-)占主体。在大额牛、牦牛和普通牛等其它牛科物种的内含子中均未发现该缺失,但与水牛相比,大额牛、牦牛和普通牛内含子中发现缺失c.262+78_262+79delTG。序列比对显示,INHA基因外显子1序列中c.43A和c.67G为水牛中所特有,而c.173A和c.255G为大额牛、牦牛和普通牛所共有,c.24C、c.47G、c.174T和c.206T为山羊所特有。大额牛、牦牛和普通牛间INHA基因外显子1序列差异较小,而山羊和水牛与它们间的差异相对较大。
- 苗永旺哈福高华山袁峰李大林袁跃云
- 关键词：水牛大额牛牦牛多态性
- 利用微卫星标记分析迪庆黄牛的遗传多样性
- 2009年
- 采用分布在黄牛基因组15条染色体上的15个微卫星标记对迪庆黄牛60个样品进行了群体遗传变异检测分析。共检测到63个等位基因,每个座位的等位基因数从2～6不等,有效等位基因数在2.0000～4.0000之间,平均每个座位等位基因数（4.2000±0.8619）个,有效等位基因数（3.5529±0.5312）个,群体平均表观杂合度、期望杂合度及平均多态信息含量分别为0.9958±0.0161,0.7098±0.0637和0.6573±0.0851。结果表明,迪庆黄牛群体遗传变异丰富。
- 田应华钱林东凌军霍金龙祁宏刘丽仙苗永旺
- 关键词：微卫星标记杂合度多态信息含量
- 西畴乌骨鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析被引量：24
- 2010年
- 为了从母系遗传角度深入阐明西畴乌骨鸡的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了36只西畴乌骨鸡的线粒体DNA D-loop区第I高变区520 bp序列。结果表明:在所分析的西畴乌骨鸡D-loop区序列中,T,C,A和G平均含量分别为30.3%,29.7%,27.4%和12.6%;共检测到核苷酸变异位点26个,核苷酸多样度为0.014 52±0.000 98;D-loop区序列存在12种单倍型,单倍型多样度为0.884±0.027,表明西畴乌骨鸡遗传多样性较丰富。聚类分析显示西畴乌骨鸡聚为A,B两大支,其中,A世系分为3小支,B世系分为2小支,说明西畴乌骨鸡在母系血统上存在较大遗传分化。
- 黄道平李大林袁峰林聪李辉建苏绍华
- 关键词：线粒体DNAD-LOOP单倍型
- 利用76个微卫星标记分析滇南小耳猪的遗传多样性被引量：7
- 2008年
- 滇南小耳猪是云南省优良地方猪种之一，其数量大，分布广。为了阐明其群体遗传变异情况，以对其进一步有效保护和合理利用提供科学依据，本研究采用分布在家猪19条染色体上的76个微卫星标记对该猪群体54个个体进行了群体遗传变异检测。共检测到338个等位基因，每个座位的等位基因数在2～8个之间，有效等位基因数在1．9560～5．71432：间，平均每个座位等位基因数（4．4474±1．2044）个，有效等位基因数（3．5091±0．9197）个，群体平均杂合度及平均多态信息含量分别为0．6917±0．09797和0．6388±0．1142。研究结果表明，滇南小耳猪群体遗传多样性较丰富。
- 霍金龙霍海龙苗永旺李大林刘丽仙刘建平李云辉
- 关键词：微卫星标记杂合度多态信息含量
- 槟榔江水牛体重及体尺生长规律的研究被引量：30
- 2011年
- 为了阐明槟榔江水牛的生长发育规律,分别利用Brody,Gompertz和Logistic模型对其体重、体高、体斜长、胸围、腹围、管围6个指标进行了累积生长曲线方程的拟合和比较分析,并利用日增重描述了该水牛的绝对生长,进一步采用改进的计算方法对其相对生长规律作了分析。结果表明:3种曲线模型拟合的效果都很好(r2>0.95)。通过比较各个性状的拟合度,Brody模型的拟合度最大,最适合用于槟榔江水牛的生长发育研究。由Gompertz模型计算出槟榔江水牛公牛的拐点月龄和拐点体重分别为7.1月龄和122.4 kg;母牛的拐点月龄和拐点体重分别为6.0月龄和107.9 kg。公、母牛都在6月龄达到绝对生长高峰,而18月龄绝对生长速度最慢。公牛的日增重呈先下降后上升的过程。母牛的日增重出现了2个峰,一个在6月龄,另一个在24月龄。公、母牛的相对生长曲线较一致,后期生长强度明显不如前期,整条曲线大致上呈下降趋势,表明在幼年时新陈代谢旺盛,生长发育的强度大,成年后趋于稳定。本研究提示应加强槟榔江水牛的饲养管理,特别应重视其母牛和育成期牛的饲养管理。
- 熊飞苗永旺李大林袁峰李卫真屈在久
- 关键词：槟榔江水牛
- 华坪乌骨鸡mtDNA D-loop遗传多样性分析被引量：12
- 2012年
- 为了阐明华坪乌骨鸡群体遗传背景信息,采用PCR产物直接测序技术对36只华坪乌骨鸡样品的线粒体DNA控制区高变区Ⅰ(长520 bp)进行了测序和序列分析。结果:在所检测华坪乌骨鸡序列中,碱基T、C、A和G平均含量分别为30.1%、29.8%、27.4%和12.6%;共检测到31个核苷酸多态位点,占检测核苷酸位点总数的5.96%,其中22个为简约信息位点,9个为单一信息位点。在该群体中共检测到12种单倍型,单倍型多样度(H)为(0.867±0.038),核苷酸多样度(π值)为(0.01547±0.00085),群体内遗传距离和序列间平均核苷酸差异数分别为(0.016±0.004)和8.044。系统发育分析显示,华坪乌骨鸡包含A、B、C、E、F和G等6个mtDNA世系。结果揭示华坪乌骨鸡群体内遗传变异较丰富,在遗传组成上具有6个母系血统来源。
- 刘丽仙苗永旺孙利民李大林袁峰杨永军贺明仙倪有崇陈官国
- 关键词：遗传分化
- 德宏水牛微卫星标记分析的群体遗传变异被引量：20
- 2007年
- 德宏水牛是云南省地方水牛的优良品种之一,为了进一步阐明其群体遗传变异和遗传结构,筛选了分别位于水牛14条染色体上的15对微卫星引物,对德宏水牛81个个体进行了检测分析。共检测到62个等位基因,每个座位等位基因数目从2到6个不等,平均等位基因数为4.13,该水牛群体期望杂合度和多态信息含量分别为0.6520±0.1526和0.5863±0.1789,各座位的遗传分化系数在0～0.0919之间,平均值为0.0202。每个座位的基因流较大,平均12.1502。研究结果表明德宏水牛群体遗传多样性较丰富,亚群间的遗传分化程度低,基因流较大,且很少发生近交。
- 杨泽宇苗永旺李大林霍金龙陈涛何朝阳创向辉汤守锟
- 关键词：德宏水牛微卫星标记遗传分化基因流
- 河流型与沼泽型水牛CSN3基因密码子使用特征分析被引量：3
- 2017年
- 本研究以54头河流型水牛和70头沼泽型水牛为研究对象,并以从NCBI数据库中下载的普通牛、野牦牛、野牛、绵羊、小鼠和人的序列作对照,对乳成分中重要的κ-酪蛋白(kappa casein)编码基因CSN3的密码子使用偏好性及水牛与其他物种间CSN3基因密码子使用的差异和进化关系进行了深入分析。结果表明:两种类型水牛CSN3基因密码子使用特征相似,河流型水牛CSN3基因共有26个偏好使用的密码子,而沼泽型水牛共有27个;其中,两类水牛偏好性较强的密码子均为GUU、UCA、AGU、CCA、AGG、GGU和GGA(RSCU≥2),河流型水牛对Asp的两种密码子GAU、GAC没有使用偏好性,而沼泽型水牛偏好使用GAC;河流型水牛编码Asp和Cys的同义密码子RSCU值为1,而沼泽型水牛只有编码Cys的同义密码子RSCU值为1。研究发现,所有物种CSN3基因均偏好使用以A/U结尾的密码子,但不同物种之间偏好使用密码子种类和数目均有差异。在密码子使用频率上,水牛CSN3基因与其他牛科物种的差异小于与小鼠、人的差异。密码子使用偏好聚类分析表明,河流型与沼泽型水牛亲缘关系最近,聚为一类,然后依次与其他牛、绵羊、小鼠和人等物种相聚。
- 范新阳邱立华罗国祥张永云滕晓红苗永旺
- 关键词：河流型水牛沼泽型水牛密码子偏好性聚类分析
- 5个黄牛群体垂体转录因子基因变异研究
- 2013年
- 为了阐明云南黄牛垂体转录因子(POU1F1)基因的群体变异特征,采用DNA序列分析和PCR-RFLP技术对云南地区5个黄牛群体(3个本地群体和2个引进品种)的垂体转录因子(POU1F1)基因的第5内含子和第6外显子进行了基因克隆测序和群体变异检测分析。在5个群体中均发现存在A和B两个等位基因,在国外引进的短角牛和安格斯牛中,A等位基因为优势等位基因,其基因频率分别为0.944和0.700;而在云南的昭通黄牛、迪庆黄牛和荷斯坦奶牛中B等位基因占优势,其基因频率分别为0.645,0.727和0.917;在短角牛和安格斯牛中,BB基因型频率为0;而在云南荷斯坦奶牛中,AA基因型频率为0。在所检测的座位中,昭通黄牛、迪庆黄牛和安格斯牛具有较高的杂合度,而其他群体该座位杂合度较低。
- 钱林东唐贺李卓然张自芳袁峰钱坤苗永旺
- 关键词：POU1F1基因PCR-RFLP多态性
- 普洱毛脚乌鸡与南涧绿耳乌鸡线粒体DNA母系遗传分析被引量：17
- 2013年
- 为了从母系遗传角度阐明普洱毛脚乌鸡与南涧绿耳乌鸡的遗传差异,本研究采用PCR产物直接测序法对随机采集的48只普洱毛脚乌鸡和48只南涧绿耳乌鸡的mtDNA控制区第I高变区序列进行了群体变异检测并对获得的数据进行了群体遗传和系统发育分析。在普洱毛脚乌鸡中检测到24个核苷酸多态位点,共定义了12种单倍型,单倍型多样度为0.829±0.039,群体内遗传距离为0.016±0.003。在南涧绿耳乌鸡中共检测到28个核苷酸多态位点,共定义了13种单倍型,单倍型多样度为0.907±0.018,群体内遗传距离为0.016±0.003。系统发育分析显示:普洱毛脚乌鸡包含A、B、E、F和G五个母系血统,它们所占的比例分别为45.83%、2.08%、8.33%,16.67%和27.09%。而南涧绿耳乌鸡具有A、B、C、E、F和G六个母系血统,它们占的比例分别为22.92%、14.58%、4.17%、10.42%、16.67%和31.25%。结果表明,南涧绿耳乌鸡的mtDNA遗传多样性相对较高,两地区乌骨鸡的群体遗传组成存在明显差异;它们在血统上主要为地方土鸡血统,但可能有少量商品鸡血液渗入。
- 苗永旺孙利民童晶晶李大林袁跃云杨满灿郝伟峰霍金龙杨润余仕亮杨光强王群
- 关键词：MTDNAD-LOOP遗传多态性
