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沙棘rbcL基因的扩增及序列分析被引量：1: 2023年; 以青海省11个地区的中国沙棘以及祁连县的西藏沙棘和肋果沙棘为试材,采用叶绿体基因标记rbcL构建遗传距离矩阵及系统发育树,研究了青海省不同地区中国沙棘的遗传变异,以期为沙棘植物分类研究提供参考依据。结果表明:3种沙棘属植物的rbcL区长度均为1501bp,不存在长度变异;3种沙棘属植物的rbcL基因序列存在不同的变异位点,不同地区中国沙棘的rbcL基因间也存在少量变异位点;与NCBI上的部分rbcL基因序列共同聚类分析发现形态手段与分子手段对沙棘进行系统分类具有基本一致性。该研究为未来利用rbcL序列进行沙棘系统进化研究提供了新的思路与方法,为沙棘的开发与利用奠定了基础。; 刘青青杨开宇马玉花施会冶贵生冯智鹏; 关键词：中国沙棘 RBCL

11种唐松草属(Thalictrum)rbcL基因的密码子偏好性研究被引量：4: 2023年; 唐松草属(Thalictrum)是毛茛科(Ranunculaceae)的重要植物类群,为了明确唐松草属rbcL基因的密码子使用偏好性,从NCBI下载了11条唐松草属植物的rbcL序列,并对其密码子偏好性进行了分析。研究结果表明,rbcL基因的密码子中,GC 1的平均值为0.583,GC 2与GC 3分别为0.435、0.310,其中,GC 1含量最大,GC 3含量最小,表现出显著的差异;ENC值与GC 1和GC 2的相关性不显著,而与GC 3的相关系数为0.335(P<0.05),说明在rbcL基因中,密码子第3位的碱基组成与密码子的偏好性显著相关;中性绘图分析表明,GC 3与GC 12的相关性不显著,且选择对密码子的偏好性有着决定性的作用;ENC-plot及PR-plot结果表明,rbcL基因的ENC值低于预期值,且相比于嘌呤C/T,嘧啶A/G的使用频率要更低;RSCU分析表明,RSCU值大于1的密码子大多数以A/U结尾,密码子使用度最高的3个密码子为CGU、UCU、ACU,用RSCU值做聚类分析,在一定程度上也可以反映唐松草属植物的亲缘关系。对于唐松草属植物的rbcL基因来说,酵母可以作为其表达受体,拟南芥可作为其转化受体。本研究为唐松草属叶绿体基因工程的开展奠定了基础,为其后续的遗传多样性、遗传结构及基因功能提供了借鉴信息。; 侯哲娄晓鸣李昂黄长兵; 关键词：RBCL基因密码子密码子偏好性

基于coxⅠ、ITS和rbcL基因序列的马尾藻系统进化分析被引量：3: 2022年; 本研究以海南省青葛港马尾藻属(Sargassum spp.)为研究对象,利用coxⅠ(细胞色素C氧化酶亚基I)、ITS(内转录间隔区)序列及rbcL(1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶大亚基)3种DNA条形码分析马尾藻属遗传进化关系。结果表明,(1)基于形态鉴定及利用coxⅠ、ITS和rbcL三种DNA条形码进行分子鉴定的方式鉴定出9种海南省青葛港常见马尾藻属物种;(2)利用rbc L基因扩增出DNA序列的GC含量最低(32%),ITS基因扩增的DNA序列GC含量最高(59%),且在不同样本间ITS扩增的DNA序列GC含量差异最大,在57%~59%之间;(3)coxⅠ条形码序列可聚为两类,其中6个几乎不存在遗传距离,且5个样本间的遗传距离均小于50;从rbcL条形码序列的聚类结果看来,除了RQL3之外,其他样品聚为一类,6个样本间的遗传距离均小于50。ITS条形码序列聚类的结果显示,9种马尾藻样本可聚为两类,马尾藻样本之间均存在一定的遗传距离。研究认为,青葛港海域马尾藻种内变异丰富,同一属的样品表现出很好的属内种间多样性;在分析青葛港马尾藻的遗传进化时利用ITS基因比其他两种基因能发现更多的遗传变异,能有效分析马尾藻的遗传进化关系。该研究结果对研究马尾藻种群生长和遗传进化具有重要现实意义,可为人工培育优异马尾藻属及其选育打下基础。; 姚丹丹陈佐朱军邹潇潇穆丹鲍时翔; 关键词：ITS RBCL

基于rbcL基因技术的渤海湾浮游植物时空分布及共现网络研究: 渤海湾是一典型的半封闭缓坡淤泥质的浅水海湾，自净能力十分有限。近年来，由于人类活动影响，渤海湾生态环境不容乐观，生态环境问题已经明显影响和制约渤海湾区域经济的可持续发展和海洋物质资源的循环再利用。浮游植物群落会随环境的变...; 舒王欣泽; 关键词：浮游植物 RBCL基因

法庭科学硅藻rbcL基因特异片段检测毛细管电泳荧光检测法: 本文件规定了法医物证检验水中尸体组织中硅藻的材料准备、操作方法、聚合酶链式反应（Poly~merase chain Reaction,PCR）扩增硅藻叶绿体核酮糖-l，5-二磷酸羧化酶大亚基基因特异片段和实时荧光定量检验...; 刘超徐曲毅刘宏赵建肖成李越汪冠三刘长晖杨幸怡徐际超

利用rbcL基因鉴定烟草制品组成成分: 2021年; 为了甄别卷烟制品的成分,本研究采用植物条形码技术设计通用引物,通过PCR扩增获得条带,然后将PCR克隆到载体中,挑选单克隆进行测序,对测序的结果在NCBI进行序列比对;序列比对结果揭示混合物中发现辣椒、菊科莴苣类、茄子、番茄、菜豆族、烟草的rbcL序列。本研究结果表明该方法可以有效的获得植物混合样品中的植物源成分,即便对深加工后的植物叶也具有很强的分辨效果;同时也对鉴定植物源食品内成分提供借鉴意义。; 白戈杨大海姚恒谢贺; 关键词：RBCL

栽培丹参居群rbcL基因遗传多样性及系统学分析被引量：2: 2021年; 为了解栽培丹参居群叶绿体rbcL基因的遗传多样性及其系统发育关系,本研究以征集到的国内40个栽培丹参居群为材料,采用PCR扩增其rbcL基因,首次利用生物信息学手段分析比较基因及其推定氨基酸序列的差异.结果表明:克隆得到的丹参rbcL基因部分序列(开放阅读框)经与参考序列对位排齐后长度为1272 bp;共有43个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)变异位点,其中转换位点33个、颠换位点10个,变异率为3.4%;基于rbcL基因的SNP指纹可区别6个栽培丹参类群;rbcL基因的推定氨基酸序列差异分析首次发现了10个氨基酸变异位点,其中有5个实质性氨基酸变异可能导致rbcL的空间结构及其与rbcS复合后的活性变化;基于丹参rbcL基因的推定氨基酸序列指纹可区别5个栽培丹参类群.本研究基于rbcL基因揭示出的不同地区丹参种质资源的遗传多样性和系谱关系,为栽培丹参种质的遗传鉴定和光合能力差异的分子机制研究奠定了基础.; 冯洁廖芳孔德英刘伟尹艳艳马浩予唐嘉浩任瑞花李关荣; 关键词：分子生物学丹参 RBCL基因系统发育关系

20种千屈菜科植物rbcL基因密码子使用偏好性分析被引量：5: 2021年; 【目的】分析千屈菜科Lythraceae植物rbcL基因密码子使用特性,明确密码子偏好性的影响因素,筛选rbcL基因异源表达和遗传转化的合适受体。【方法】从美国国家生物技术信息中心(NCBI)获取20种千屈菜科植物的rbcL基因全长编码区序列(CDS)数据,运用CodonW、EMBOSS和DAMBE软件获取基因碱基组成和密码子使用偏好性的相关参数,分析该类植物叶绿体rbcL基因使用密码子的偏倚性及其影响因素。【结果】千屈菜科植物rbcL基因GC含量(GC)为0.425~0.437,密码子第3位碱基GC含量(GC3s)为0.275~0.300。GC3s、GC与有效密码子数(ENC)显著相关(P<0.01);ENC-GC3s散点图分析、中性绘图分析、奇偶偏差分析均表明:相较于突变压力,自然选择压力对千屈菜科植物rbcL基因密码子使用偏好性的影响更大。基于同义密码子相对使用度的系统聚类与CDS邻接树结果部分一致。与千屈菜科rbcL基因密码子平均使用频率相比,大肠埃希菌Escherichia coli、酵母Saccharomyces cerevisiae、拟南芥Arabidopsis thaliana、烟草Nicotiana tabacum和番茄Solanum lycopersicum分别存在28、26、20、19和17个使用频率相差较大的密码子。【结论】千屈菜科植物rbcL基因碱基组成上更倾向于选择A/T碱基,且偏好使用末端A/T碱基的密码子;rbcL基因密码子使用偏好性受多种因素共同作用,但自然选择压力是最主要因素;密码子偏好性的系统聚类可为系统发育研究提供补充;酵母更适合作为千屈菜科植物rbcL基因异源表达受体,番茄更适合作为rbcL基因遗传转化和功能研究的受体材料。; 郑钢顾翠花林琳林琳; 关键词：碱基组成聚类分析受体

红藻rbcL基因密码子偏爱性分析被引量：5: 2020年; 红藻是我们日常生活中一类非常重要的海洋生物资源。为探究红藻rbcL基因密码子的偏爱性,确定该类基因的最优密码子,本研究通过使用CodonW 1.4.4、CUSP和SPSS 20.0软件对20条红藻rbcL基因进行了多元统计和密码子偏爱性分析,最终获得了红藻rbcL基因三个位置的GC碱基含量、ENC值和RSCU值。结果显示,红藻rbcL基因AT碱基含量高于GC碱基,ENC值为41.89,说明红藻rbcL基因密码子偏爱于A/T碱基结尾。ENC绘图分析,PR2-plot分析和中性绘图分析表明自然选择是影响rbcL基因密码子偏爱性的主要因素。通过与拟南芥等五个物种的密码子使用频率比较,发现红藻rbcL基因和它们均有较大的差异性。最后筛选得到了UUU、UUA、AUU等18个最优密码子,均偏向于以A/U碱基结尾。研究结果对红藻资源的开发利用和rbcL基因的表达研究具有重要意义。; 李国灵陶文高诗晨靳燕姚慧鹏; 关键词：RBCL基因 GC 密码子偏爱性

18种苔藓植物rbcL基因的密码子偏性及聚类分析被引量：8: 2020年; [目的]以18种具有代表性的苔藓植物的叶绿体rbcL基因为研究对象,利用生物信息学方法探究其碱基组成及密码子使用特征,并用不同方法进行聚类分析。[方法]运用密码子偏性分析软件Codon W 1.4.2、碱基组成分析软件DNA star及EMBOSS的CUSP程序探究18种苔藓植物的密码子使用特征,用EBI的Clustal W模块和SPSS分别基于蛋白编码区(Codoning DNA sequence,CDS)核酸序列和同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)进行聚类分析。[结果]各物种rbcL基因AT含量较高;RSCU>1的密码子多以A/T结尾;18种苔藓植物之间氨基酸对密码子的选择具有较强的相似性;聚类分析中,基于CDS核酸序列的聚类基本反应真实的系统发育分类,而基于RSCU的聚类与其不一致。[结论]rbcL基因偏好使用以A/T结尾的密码子,本文分析的18种苔藓植物在进化上具有较近的进化关系,但基于CDS核酸序列的聚类和基于RSCU的聚类结果不一致,可能是由于进化过程中个别基因发生了突变。; 张家榕雷万钧; 关键词：RBCL基因苔藓植物聚类分析

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