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不同来源大麦的SSR标记与连锁不平衡分析: 2024年; 为分析大麦种质材料遗传多样性并且为大麦基因型分析及育种组合选择提供依据,本研究利用品种间表现多态性的45个SSR标记对84份大麦材料进行分析,结果表明:(1)由45对SSR引物扫描鉴定出305个等位变异,平均每对引物扩增得到6.8个等位变异,同时45对引物的平均多态性信息含量为0.640 1;(2)根据遗传距离和聚类分析结果显示,本研究中84份大麦材料间的平均遗传距离约为0.614 2,表明由甘肃省农科院提供的84份大麦材料种质间遗传差异较大,亲缘关系相对较远;(3)群体遗传结构分析将84份种质材料分成6个亚群,与聚类分析结果较一致;(4)连锁不平衡结果显示,D'值范围主要集中在0和0.6之间,占到992个SSR标记位点成对组合的82.06%,表明这次选择的大麦种质材料内部基因间重组概率和突变概率都比较低;同时在分布于大麦7条染色体上的SSR分子标记检测中,发现了较高的LD水平(D'>0.5)主要分布于2H、4H、5H和6H上。由此可知,不管是自然变异还是人为选择,作物内部产生的遗传变异和连锁不平衡程度对研发高产和高抗逆作物的新品种起着至关重要的作用,所以通过大麦的SSR标记与连锁不平衡分析,可为今后的育种策略提供更有效和有针对性的理论方法。; 祁天涛刘海颖司二静孟亚雄汪军成王化俊; 关键词：大麦 SSR标记

273份水稻种质资源的遗传多样性、群体结构与连锁不平衡分析被引量：13: 2021年; 【目的】评估273份水稻种质资源的遗传多样性和群体结构,为今后利用这些水稻种质资源进行遗传育种和关联分析提供参考。【方法】利用214个分子标记对来自14个国家的273份水稻地方品种和育种材料进行基因型检测,分析其遗传多样性、群体结构、连锁不平衡程度。【结果】群体结构分析将供试群体划分为2个亚群(SG1、SG2)以及1个混合群(AD),聚类分析和主成分分析结果与群体结构分析结果一致;遗传多样性分析结果显示,214个标记共检测到524个等位变异,变幅为2~5个,平均遗传多样性指数为0.44,平均多态性信息含量(PIC)为0.355,SG2群遗传多样性指数和PIC高于SG1群;分子方差分析表明34%的变异来源于种群内,66%的变异来源于种群间,SG1与SG2群体间存在显著的遗传分化(Fst=0.725,P<0.01);连锁不平衡分析结果显示,整个群体中存在较高程度连锁不平衡,平均r2为0.33,SG1和SG2中连锁不平衡衰减到75%以下所延伸的最小距离分别为13.7 Mb和90.5 kb。【结论】273份水稻种质资源群体内具有丰富的遗传变异,该群体适合通过关联作图来挖掘优异等位基因。; 董俊杰曾宇翔季芝娟梁燕杨长登; 关键词：水稻种质资源

利用连锁和连锁不平衡分析鉴定小麦农艺性状基因位点: 小麦(Triticum aestivum L.)是世界性的重要粮食作物,全世界三分之一以上的人口以小麦为主食。小麦已经在中国种植超过4000年,主要种植在中国的10个农业生态区。现代小麦品种主要是通过将优良品种杂交进行培...; 林宇; 关键词：小麦农艺性状

CYP3A4 rs4646440与rs2242480及CYP3A5 rs776746连锁不平衡分析及其对肝组织CYP3A4表达及活性的影响被引量：1: 2019年; 目的:研究CYP3A4 rs4646440与rs2242480、CYP3A5 rs776746之间的连锁不平衡关系及其对肝组织中CYP3A4表达及活性的影响。方法:收集54例成人正常肝组织样本,PCR扩增后直接测序,对肝组织上述位点的基因多态性进行分析,并用qRT-PCR、高效液相色谱法检测22例样品中CYP3A4 mRNA表达及活性。结果与结论:rs4646440 T、rs2242480 A和rs776746 G等位基因频率分别为16. 7%、18. 5%和70. 4%;三者之间存在较强的连锁不平衡,其中rs4646440与rs2242480的连锁关系强于与rs776746的连锁关系,而rs4646440与rs776746的连锁关系弱于rs2242480与rs776746。在正常肝组织中rs4646440基因多态性与CYP3A4 mRNA表达水平及活性无关。; 何悦洋李江峰聂亚莉张弛马亚楠顾思梦洪春丽杨卫红张莉蓉; 关键词：CYP3A4 单核苷酸多态性

新疆维吾尔族代谢综合征患者CETP基因单体型和连锁不平衡分析被引量：2: 2019年; 目的探索胆固醇酯转运蛋白(CETP)基因多态位点之间的连锁不平衡和单体型对新疆维吾尔代谢综合征(MS)及其各组分的影响。方法遵从成组匹配原则,经性别匹配后从前期调查的5692名维吾尔族成年人中随机选择280例代谢综合征患者和291例健康对照者,用多重单碱基延伸单核苷酸多态性(SNP)分型技术检测CETP基因六个位点(rs5882、rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272)多态性。结果(1)rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272位点的基因型和等位基因频率分布在对照组和病例组之间差异有统计学意义(P<0.05)。(2)rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272位点多态性均与维吾尔族MS密切相关(P<0.05)。(3)rs1800775位点多态性与空腹血糖升高、低高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)血症有关;rs3764261与rs12149545位点多态性均与中心性肥胖、空腹血糖升高、高甘油三酯(TG)血症、低HDL-C血症有关;rs711752位点多态性与低HDL-C血症有关;rs708272位点多态性与高TG血症、低HDL-C血症有关。(4)rs3764261位点与rs12149545位点(D’=1.000,r^2=0.931),rs711752位点与rs708272位点(D’=1.000,r^2=0.996)间存在完全连锁不平衡。(5)A-A-T-A-A-T(P<0.001,OR=0.435,95%CI=0.306-0.620)和G-A-T-A-A-T(P=0.042,OR=0.648,95%CI=0.426-0.986)单体型在对照组的频率高于病例组。结论CETP基因位点多态性(rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272)与维吾尔族MS及其各组分间均密切相关;rs3764261位点与rs12149545位点以及rs711752位点与rs708272位点之间存在完全连锁不平衡关系;A-A-T-A-A-T和G-A-T-A-A-T单体型可能是维吾尔族人群中MS的保护因素。; 李毓王海霞胡云华张向辉郭恒何佳闫贻忠马儒林郭淑霞; 关键词：CETP基因代谢综合征维吾尔族

寒地水稻种质品质特性及其连锁不平衡分析: 寒地水稻素来以品质优良著称，随着人们生活水平的提高，对稻米品质需求也越来越高。对寒地水稻种质资源品质进行分析，并对控制水稻各品质的基因位点进行定位研究，对促进寒地水稻优质米分子辅助选育具有重要意义。连锁不平衡分析是获得与...; 苗百更; 关键词：寒地水稻分子辅助育种品质性状连锁不平衡分析

深圳地区汉族献血人群MICA等位基因多态性及其与HLA-B基因的连锁不平衡分析被引量：3: 2018年; 目的研究主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A位点（major histocompatibility complex class Ⅰ chain-related geneA，MICA）在深圳地区汉族献血人群中的分布特点及其与人类白细胞抗原B位点（human leukocyte antigen locusB，HLA-B）基因的连锁不平衡关系。方法采用基于聚合酶链反应一碱基序列直接测序（PCR-sequence based typing，PCR-SBT）方法对143名随机深圳地区汉族献血者进行MICA和HLA-B基因高分辨分型，并采用Pypop软件分析等位基因频率、单倍型频率和连锁不平衡参数。结果143名献血者标本中共检出了13个MICA和35个HLA-B等位基因，其中MICA＊008：01频率最高（76／286）MICA＊008：01-HLA-B＊40：01和MICA＊010-HLA-B＊46：01是最常见的单倍型。结论获得了深圳地区汉族献血人群MICA和HLA-B基因的等位基因和单倍型多态性及连锁不平衡分析数据，列出了部分MICA和HLA-B等位基因及单倍型频率，为MICA和HLA-B基因的相关研究和应用提供了参考数据。; 王宋兴徐筠娉何柳媚洪文旭高素青; 关键词：多态性

白细胞介素-1B基因连锁不平衡分析与骨性关节炎发病率的关系被引量：3: 2018年; 目的探讨白细胞介素（IL）-1B基因中3个基因位点的连锁不平衡与骨性关节炎易感性的关联性。方法采用病例对照研究，纳入300例青岛地区骨性关节炎患者和300例健康对照者，采用聚合酶链反应和限制性片段长度多态性（PCR-RFL）对IL-lB基因的-511C／T（rsl6944）、＋3954C／T（rsll4363）和-31C／T（rsll43627）位点进行单核苷酸多态分析，并测序验证酶切结果，通过连锁不平衡分析软件分析骨性关节炎组和对照组中3个IL-1B基因位点的连锁不平衡状态。结果在骨性关节炎患者和对照组中，杂合子组中差异有统计-511CT、＋3954CT基因型与骨性关节炎高风险发病率相关，IL-1B基因3个位点间存在基因连锁不平衡，其中rsll43627与其他2个位点之间连锁不平衡程度在正常人群组和骨性关节炎学意义（P=0．016）。结论相对于其他位点，rsll43627位点与其他位点间的连锁不平衡在骨性关节炎发生中是一个易感因素。; 申成凯赵海军孙代同赵希春朱卫洁赵军强吕成昱; 关键词：白细胞介素-1B 骨性关节炎

一种同源四倍体自然群体的连锁不平衡分析模型的构建方法: 本发明提供一种同源四倍体自然群体的连锁不平衡分析模型的构建方法，包括：对来自自然群体中一组同源四倍体植物，设置一个位点A和一个位点B；两个位点产生16单倍型，且分别都具有35种基因型,但在遗传上每个位点能够识别的四倍体基...; 姜立波邬荣领冯思思; 文献传递

芝麻SNP和InDel标记遗传多样性、群体结构及连锁不平衡分析被引量：16: 2017年; 为了利用关联分析发掘芝麻种质资源中所携带的优异等位基因,并了解其对目标性状的贡献值。本研究利用随机分布于芝麻基因组中的206对多态性分子标记(167对SNP标记和39对In Del标记),对101份来自国内外的芝麻材料进行遗传多样性、亲缘关系、群体结构及连锁不平衡分析。206对标记共检测到413个等位基因;标记位点的基因多样性范围在0.01~0.53,平均为0.35;多态性信息含量(PIC)变幅为0.01~0.46,平均为0.28。供试芝麻材料间的遗传距离变幅为0.08~0.88,平均为0.43。聚类结果显示101份芝麻材料被划分为两大亚群:中国绝大部分(93.42%)芝麻材料被划分为第一大亚群,国外绝大部分(80.0%)芝麻材料被划分为第二大亚群。中国北方区(NR)与美洲区(AMR)的材料遗传距离最远(0.36);中国北方区(NR)与中部区(CR)的遗传距离最近(0.04)。群体结构分析显示供试芝麻群体由2个亚群组成,该结果与聚类分析以及主坐标分析结果一致。另外,绝大多数芝麻材料(>84%)间的亲缘关系较远(亲缘关系值<0.2)。连锁不平衡分析显示不同位点组合间存在一定程度的LD。利用SNP和InDel标记成功分析了101份芝麻品种的遗传多样性、亲缘关系、群体结构和连锁不平衡程度,本研究结果为后期芝麻杂交组合的配置以及利用关联分析准确挖掘芝麻有利基因提供了依据。; 魏利斌苗红梅李春段迎辉徐芳芳张海洋; 关键词：芝麻 SNP INDEL

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