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秀丽隐杆线虫基因组编码区的碱基分布特征参数研究: 2020年; 【目的】考察秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)基因组编码区(Coding sequences,CDSs)的碱基使用特点,并提炼出能够区分CDSs与非编码区的碱基成分偏移特征参数。【方法】在研究碱基成分偏移特性基础上,定义一个新的参数d,探索d值的分布规律;采用从秀丽隐杆线虫基因组6类不同的DNA序列中随机抽样的方式,分析并验证该指标作为基因组CDSs特征参数的可行性。【结果】参数d经过线性变换后近似服从对数正态分布;抽样分析显示分别有81.6%的CDSs、70.7%的外显子、21.8%的内含子、4.7%的随机序列、17.8%的5′非翻译区和31.4%的3′非翻译区落在d值变换后的特征取值区间内,即被预测为基因组CDSs。【结论】碱基成分偏移指数d可以作为表征基因组编码区的特征参数,它的特定取值区间能很好地区分CDSs(或开放阅读框及它的子片段)和其他非编码区。; 李勃方斌陶靖心刘明伟; 关键词：秀丽隐杆线虫编码区数据挖掘特征参数

基因组翻译起始和终止区域碱基分布的信息熵分析被引量：1: 2011年; DNA编码区域起始和终止位置的预测是生物信息学中的一个重要问题,对翻译起始和终止区域的序列特性分析是其中的关键。针对基因组翻译起始和终止区域的碱基分布,如保守性、周期性等问题,提出了一种基于信息熵方法的模型进行分析。对编码起始、终止位点附近区域的信息熵分析结果显示:在原核生物中,其编码区域的信息剩余度呈现非常强的周期为三周期性质;亲缘较近的序列,其信息剩余度曲线相互聚集;在原核生物特有的SD区域,信息剩余度相对较大。实验结果表明,信息熵能够很好地表征一些生物学特性。; 詹青王亚东; 关键词：DNA 信息熵起始密码子

黑腹果蝇蛋白质编码区碱基分布与起始密码子及终止密码子的关系被引量：1: 2007年; 对黑腹果蝇染色体上基因组进行统计分析,结果表明,蛋白质编码区(CDS)碱基分布具有不均匀性.对单核苷酸、双核苷酸及密码子的使用进行统计,结果表明,与起始密码子对应的组分中,NTG的使用倾向值相对高,终止密码子(TGA,TAA,TAG)对应的组合使用倾向值相对很低.由此得出结论:起如密码子对蛋白质编码区碱基的使用有一定的影响,终止密码子对蛋白质编码区碱基的使用具有较强限制作用.; 蔡禄崔向军刘辉; 关键词：起始密码子终止密码子碱基分布

蛋白质编码区碱基分布与终止密码子的关系被引量：4: 2004年; 对11种具有不同G+C含量的微生物基因组蛋白质编码区进行统计分析,结果显示蛋白质编码区3个密码子位碱基分布具有明显的不对称性,与终止密码子对应的一些单、双核苷酸出现的频率很低,由此得出结论:终止密码子对编码区碱基的使用起重要限制作用.; 齐立省王永宏展永于慧赵同军纪青; 关键词：蛋白质编码区碱基分布终止密码子基因组保守性

62种细菌基因组中密码子碱基位置上碱基分布的差异性及相关性被引量：4: 2003年; 应用生物信息学方法 ,对已完成测序的 6 2种细菌基因组进行 :1 同一密码子碱基位置上不同碱基分布频率的比较 ;2 不同密码子碱基位置上同一碱基分布频率的比较。结果显示 :1 三个密码子碱基位置上及四种碱基的分布频率差异存在显著性 ;2 三个密码子碱基位置上的四种碱基的分布频率显著相关。结论提示 ,在细菌的进化过程中 ,任一密码子碱基位置上任一碱基的分布有可能受到所处密码子碱基位置及其他三种碱基分布的影响。; 钟东赵贵军刘宇虎杨兴龙徐安龙张振书; 关键词：细菌基因组碱基分布

研究人类DNA序列的碱基分布: DNA是存储基因信息的遗传物质.所谓基因,简单他说,就是遗传的基本功能单位.基因的现代含义为:编码一个KNA分子或蛋白质分子的完整的DNA片段.用化学语言来说,基因是核音酸的线性排列,即DNA序列的片段.遗传信息在基因中...; 董丽娟; 关键词：DNA序列正八面体; 文献传递

基因组内碱基分布整体均衡与局部不均衡的研究进展被引量：19: 2002年; 近年来 ,随着各种基因组计划的相继完成 ,发现在各种生物体单核苷酸链水平上存在着A≌T ,G≌C的数量关系 ,但从几千个至十几万个碱基的范围来看 ,A≠T ,G≠C。从数学上可以证明 ,如果DNA双链之间碱基的突变率一致 ,则A≌T ,G≌C成立 ,但很多实验表明 ,双链之间的突变率并不一致 ,因此这个问题的解决仍有赖于数理科学和生物学的进一步结合。; 钟东赵贵军张振书徐安龙; 关键词：基因组碱基分布生物信息学

大肠杆菌基因编码区碱基分布非均匀性的研究被引量：6: 1999年; 基于大肠杆菌１２９２个基因编码区．１）统计出了氨基酸丰度分布，与一般生物氨基酸丰度比较发现，构成大肠杆菌蛋白质的氨基酸中疏水氨基酸相对较多，小氨基酸相对较少，二硫键相对较少；２）发现编码区碱基分布的非均匀性与氨基酸丰度的分布和同义密码子的非均匀使用紧密相关；３）分析了编码开始区域、编码终止区域碱基分布和氨基酸丰度分布的差别，得到了一些有意义的结论．; 李宏罗辽复; 关键词：大肠杆菌基因编码区碱基

基于碱基分布矩阵的序列比较: 1994年; 提出了基于碱基分布矩阵的全局性序列比较算法，利用此算法编程时所需的常驻内存仅为一个碱基分布矩阵和一个序列，因此序列个数和长度均有较大增加，可以实现２００个长度为５Ｋｂｐ的核酸序列比较，此外，还论述了在ＰＣＲ模板选择中的应用。; 李伍举吴加金

基于变值体系在基因序列上的研究与拓展: 由于测序技术的不断进步,生物信息学的快速发展,随着激增的海量数据,使全世界生物信息学领域的有关研究学者都面临严峻的挑战,尤其是此次新型冠状病毒疫情的暴发,对前沿的研究进展也是一项巨大的考验。如何对生物信息学中的海量数据进...; 杜流云; 关键词：可视化基因序列碱基分布; 文献传递

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