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牛源新型环状病毒RT-qPCR方法的建立和应用
2023年
目前世界范围内仅分别从日本西南的与那国岛(2015年)及中国云南省景洪市勐罕镇(2019年)的哨兵动物牛上分离到过新型环状病毒Yonaguni orbivirus(YONOV),但尚缺乏该病毒核酸的特异性检测方法。该研究对比我国分离的YONOV毒株JH2019C603和日本毒株(ON-7/E/15)的基因序列,选择编码非结构蛋白3(Non-structural protein 3,NS3)的Segment-10(Seg-10)节段的保守区设计引物和探针,并分别进行了特异性、灵敏度、重复性和临床血液样品的测试,建立了牛YONOV的RT-qPCR和RT-PCR检测方法。结果显示,两种方法能特异性扩增YONOV核酸片段,对其他环状病毒无有效扩增;RT-qPCR和RT-PCR检出YONOV核酸浓度的下限分别为11.5 copies/μL和115.0 copies/μL;两种方法均能检测出毒株或动物临床血样中的YONOV核酸,并且能在动物感染并产生中和抗体前1周检测出病毒核酸,因此更适用于病毒感染动物的早期诊断。RT-qPCR因其更高的灵敏度和实效性,能用于大量临床样品的快速检测,而RT-PCR的扩增产物可以进行测序,获取待测毒株的基因信息,两种检测方法相互辅助,可以为YONOV的核酸检测及动物感染该病毒的诊断及流行病学研究提供技术支撑。
杨振兴何于雯谢佳芮朱建波
关键词:环状病毒实时荧光定量PCR病毒检测
一种检测人呼吸道相关环状病毒HRAPLV的引物及其应用
本发明公开了一种检测人呼吸道相关环状病毒HRAPLV的引物及其应用,属于分子生物学技术领域。该检测人呼吸道相关环状病毒HRAPLV的引物序列为:上游引物‑F:5'‑GTGGGTGCAGTTTCTTCACT‑3',下游引物...
耿合员吴媛媛杨国平苏小建田玲玲胡双双聂国嫒杨庆贵张荣黄晓莉
云南环状病毒(Yunnan orbivirus,YOUV)在牛与蚊上的分离鉴定
2023年
云南环状病毒(Yunnan orbivirus, YUOV)为环状病毒属新成员,病毒于1997年首次从我国云南省采集的三带喙库蚊(Culex tritaeniorhynchus)中分离。随后YOUV相继在秘鲁的发病马(1997)、日本的哨兵牛(2018)以及美国病死的白尾鹿(2019)中分离,提示该病毒分布广泛,可能是一种危害动物健康的虫媒病毒。2022年我们在云南省师宗县采集的牛血液与蚊样本中分离出三株在白纹伊蚊细胞(C6/36)上引起明显细胞病变的病毒。电镜下观察,病毒粒子具有环状病毒病毒的形态特征;琼脂糖凝胶电泳结果显示,病毒基因组由多节段双链RNA组成。对环状病毒属高度保守的基因节段及其编码蛋白(Seg-2/T2)序列分析显示,分离毒株在系统发生树上与YOUV聚为一簇,序列相似度在82.7%/98.1%~96.7%/99.8%(nt/aa)之间,表明分离三株病毒为YOUV成员;对决定环状病毒属血清型的基因节段及其编码蛋白(Seg-3/OC1)序列分析显示,分离毒株与已知YOUV毒株的序列相似度在84.5%/97.4%~90.3%/95.7%之间,提示目前世界范围发现YOUV均属同一血清型。为分析YOUV在当地牛羊中的流行情况,采用本研究建立的YOUV qRT-PCR方法对45份采集至师宗县牛羊血液进行检测,结果显示病毒在羊上的感染率为5%(1/20),在牛上的感染率达24%(6/25);感染动物血清中YOUV的中和抗体效价在1:16至1:215之间。本研究首次在云南省的蚊与牛血液中同时分离出YOUV,证实了病毒在师宗县牛羊中的流行。我国流行YOUV的遗传特征、感染动物宿主范围与致病性有待进一步研究。
杨恒王怡丹董双平姚萍芬付余飞周明王宵王斌牛保生陈伟
关键词:流行病学调查
云南省德宏州东方库蠓中西藏环状病毒的分离鉴定被引量:1
2022年
目的了解云南省德宏傣族景颇族自治州(德宏州)芒市采集库蠓携带西藏环状病毒(TIBOV)情况及其潜在传播媒介,丰富云南边境地区环状病毒的研究。方法2016年8月在德宏州芒市郊区的牛舍和羊舍用诱蚊灯夜间采集蠓,对采集到的蠓在显微镜下进行初步分类,采用金黄地鼠肾细胞(BHK-21)和白纹伊蚊卵细胞(C6/36)进行病毒分离,阳性分离物分别使用甲病毒属、黄病毒属、TIBOV S7和S10特异引物进行鉴定,对阳性扩增产物测序,采用MEGAⅩ等生物信息软件进行序列分析。同时,提取相应库蠓基因组DNA,采用细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)特异引物鉴定库蠓种类。结果将采集到的库蠓分44批研磨,获得1株可引起BHK-21和C6/36细胞病变的毒株(编号:DHC217-11),接种标本研磨的上清液48 h后,BHK-21细胞出现明显病变;接种标本研磨的上清液72 h后,C6/36细胞出现明显病变。甲病毒属、黄病毒属引物扩增均为阴性,TIBOV S7和S10引物扩增均为阳性,测序后分别获得新分离病毒第7节段(S7)1085 bp和第10节段(S10)723 bp序列。序列分析结果显示,新分离DHC217-11株病毒在S7和S10基因序列构建的遗传进化树上,与6株TIBOV位于同一个进化分支内,它们之间的核苷酸同源性分别为93.4%~99.5%(S7)和81.3%~97.1%(S10),而与蓝舌病毒、鹿流行性出血热病毒等其他环状病毒位于不同进化分支,核苷酸同源性低于62.7%(S7)和58.9%(S10);进一步分析发现新分离DHC217-11株病毒S7基因序列与2013年芒市库蠓分离TIBOV DH13C120株核苷酸同源性最高,为99.5%,S10基因序列与2017年西双版纳傣族自治州分离的TIBOV SX-2017a株核苷酸同源性最高,为97.1%,提示新分离DHC217-11株病毒为TIBOV。采用库蠓COⅠ基因引物对DHC217-11批库蠓进行分子鉴定,序列分析结果显示DHC217-11批库蠓COⅠ基因序列与东方库蠓遗传进化关系较近,它们之间核苷酸同源性最高为99.8%,提示该批库蠓为东方库
杨怡铃何于雯李楠孟锦昕殷建忠王静林
关键词:遗传进化分析
鸡新型环状病毒与鸡传染性贫血病毒鉴别诊断试剂盒
本发明公开了一种用于鉴别鸡新型环状病毒与鸡传染性贫血病毒的特异性引物,包括用于检测鸡新型环状病毒的检测引物GyV3‑1/GyV3‑2,和用于检测鸡传染性贫血病毒的检测引物CIAV‑5/CIAV‑6;其核苷酸序列如SEQ ...
于可响宋敏训李玉峰袁小远路晓胡峰郭效珍马秀丽黄兵
云南省墨江县库蠓中一株西藏环状病毒的分离及全基因组序列分析被引量:1
2022年
西藏环状病毒(Tibet orbivirus,TIBOV)于2009年首次从中国西藏自治区采集的圆斑按蚊中分离出,目前在中国的云南省、广东省、湖南省和临国日本均有分离报道。2017年我们从云南省墨江县采集的库蠓样品中分离到一株病毒(MJC1-7),接种BHK-21和C6/36细胞后均可产生聚集、皱缩和脱落等明显细胞病变。1%的琼脂糖凝胶电泳显示,病毒基因组为十节段的双链RNA,呈现“3-3-3-1”的带型。通过病毒全长cDNA扩增和测序获取MJC1-7毒株的全基因组核苷酸序列,病毒基因组全长为19260 bp(包括编码区18495 bp和非编码区735 bp),由Seg-1(3950 bp)至Seg-10(832 bp)的10个基因节段构成,可编码6165个氨基酸残基。对环状病毒保守的VP1(Pol)、VP3(T2)和VP7(T13)蛋白氨基酸序列及系统发育分析显示,MJC1-7毒株与TIBOV亲缘关系最近,氨基酸序列相似度为95.4%~99.7%。对决定环状病毒血清型VP2(OC1)蛋白氨基酸序列与系统发育分析显示,MJC1-7与云南(SX-2017a、DH13C120和YN15-283-01)和广东(D181/2008)分离的TIBOV毒株聚为一簇,氨基酸序列相似度为97.3%~98.6%,而中国西藏毒株(XZ0906)和日本毒株(KSB-8/C/09和KSB-3/C/10)形成了另外3个独立的进化分支,MJC1-7与其相似度仅为27.8%~41.8%,以上结果表明MJC1-7毒株与云南和广东毒株有更近的亲缘关系,而中国西藏和日本毒株可能为Seg-2(OC1)基因变异较大毒株。本研究报道了一株TIBOV在我国云南省墨江县库蠓上的分离以及全基因组序列分析,研究结果进一步丰富了我们对TIBOV的认知,为深入研究我国TIBOV的分布、致病性与病原学检测技术提供了基础数据。
杨振兴孟锦昕何于雯李楠王静林
关键词:库蠓病毒分离
一种西藏环状病毒、版纳病毒和芒市病毒的快速一步法RT-LAMP可视化检测试剂盒
本发明涉及一种西藏环状病毒、版纳病毒和芒市病毒的快速一步法RT‑LAMP可视化检测试剂盒,属于动物虫媒病毒检测技术领域。该试剂盒包括引物组、显色物质和反应试剂组、阳性对照和阴性对照;所述引物组包括用于检测TIBOV的特异...
杨振兴廖德芳李占鸿李卓然杨恒
一种同时检测辛德毕斯病毒、盖塔病毒和云南环状病毒的核酸组合物、试剂盒及检测方法
本申请公开了一种同时检测辛德毕斯病毒、盖塔病毒和云南环状病毒的核酸组合物、试剂盒及检测方法。所述核酸组合物包括针对辛德毕斯病毒的正、反向引物和探针,针对盖塔病毒的正、反向引物和探针以及针对云南环状病毒的正、反向引物和探针...
付士红王环宇许松涛马力敏杨海芳聂凯李樊殷启凯何英
文献传递
西藏环状病毒可视化RT-LAMP检测方法的建立与应用
2022年
西藏环状病毒(Tibet orbivirus,TIBOV)为2009年在我国西藏新发现的一种环状病毒病毒,本研究拟建立TIBOV可视化RT-LAMP检测方法。根据我国分离TIBOV(YNSZ/V290/2019)毒株Seg-9基因的保守序列设计2对特异性引物,并引入1对环引物,通过反应条件优化,建立了可视化RT-LAMP检测方法,其最佳反应条件为:64℃50 min。利用该方法对流行性出血病病毒、蓝舌病病毒、中山病病毒、广西环状病毒、阿卡斑病毒、版纳病毒、芒市病毒等虫媒病毒的核酸样品进行检测,仅TIBOV能被检测出,与其他虫媒病毒均无非特异性扩增;灵敏度试验显示该方法的最低可检测限制为18.2拷贝/μL,敏感性是常规RT-PCR的10倍以上。应用建立的RT-LAMP和RT-PCR方法分别对2596只蠓虫和蚊虫样品核酸进行检测,结果显示,两者阳性检出率分别为3.31%和1.19%,RT-LAMP检出率是RT-PCR的2倍以上。本研究建立的TIBOV可视化RT-LAMP检测方法具有特异性强、敏感性高、快速等优点,为我国开展TIBOV的现场快速检测与流行病学研究提供了有效技术支持。
杨振兴李占鸿李卓然李乐杨恒牛保生姚萍芬朱建波
夹杂猪环状病毒的溶液的处理方法
本发明提供一种夹杂猪环状病毒的溶液的处理方法,其包括如下工序:将夹杂猪环状病毒的溶液的pH调节为3.0~7.0的工序;和用针对噬菌体PP7的LRV为4以上的滤膜对调节了pH的溶液进行处理的工序。
柚木幹弘浦山健坂井薫宫林朋之
文献传递

相关作者

付士红
作品数:231被引量:935H指数:18
供职机构:中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所
研究主题:虫媒病毒 流行性乙型脑炎病毒 种系发生 病毒 乙型脑炎病毒
杨振兴
作品数:53被引量:110H指数:8
供职机构:云南省热带亚热带动物病毒病重点实验室
研究主题:血清型 蓝舌病病毒 病毒 环状病毒 竞争ELISA
梁国栋
作品数:392被引量:2,099H指数:26
供职机构:中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所
研究主题:虫媒病毒 病毒 流行性乙型脑炎病毒 乙型脑炎病毒 辛德毕斯病毒
黄祥瑞
作品数:25被引量:37H指数:4
供职机构:军事医学科学院微生物流行病研究所
研究主题:环状病毒 基孔肯雅病毒 虫媒病毒 辛德毕斯病毒 血清学调查
陈娟
作品数:29被引量:78H指数:6
供职机构:军事医学科学院放射与辐射医学研究所
研究主题:电磁辐射 环状病毒 海马 波段 IBD