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一种可以进行基因重排的大肠杆菌基因组大片段: 本发明涉及生物技术领域，特别涉及一种可以进行基因重排的大肠杆菌基因组大片段。本发明通过理性设计从头合成大肠杆菌基因组100kb序列，在基因间插入loxPsym位点，该序列设计合成可以利用Cre重组酶介导，产生大量插入、缺...; 元英进魏敏良张昭旸贾斌马雨欣

一种发酵乳糖的大肠杆菌基因组优化方法: 本发明公开了一种发酵乳糖的大肠杆菌基因组优化方法，包括以下步骤：先将原始pTargetF质粒改造为包含两个大肠杆菌基因组剪切位点的双J23119 promoter‑N20‑gRNA scaffold结构质粒，同时在质粒上...; 刘振云郭涛

一种大肠杆菌基因组编辑gRNA质粒及其构建方法: 本发明属于生物技术领域，公开了一种大肠杆菌基因组编辑gRNA质粒及其构建方法，具体公开了一种gRNA质粒，包括载体质粒、氨苄抗性基因和N20序列，所述氨苄抗性基因和N20序列构建至载体质粒，所述氨苄抗性基因替换载体质粒中...; 刘佩伶赵难难崔金明

一种基于CRISPR-Cas的大肠杆菌基因组编辑工具: 本发明公开了一种基于CRISPR‑Cas的大肠杆菌基因组编辑工具，其包括用于表达核酸内切酶Cas9的质粒pEcCas，该质粒pEcCas包括cas9核酸酶基因、λ‑RED重组酶基因、araC蛋白基因、sacB基因、复制子...; 杨晟陈飚蒋宇孙兵兵杨俊杰

猪源致病性大肠杆菌基因组比较与毒力因子分析被引量：1: 2023年; 不同菌株猪源致病性大肠杆菌的致病力有较大差异,通过着重研究菌株基因组中携带的毒力因子种类和数量,以解析猪源大肠杆菌致病的分子机制。利用二代高通量DNA测序技术测定猪源致病性大肠杆菌的基因组DNA序列,通过生物信息学方法,分析不同毒力菌株的基因组结构特征、进化类型、携带的毒力因子基因及其碱基变异,采用PCR方法对候选毒力因子基因进行验证。猪源致病性大肠杆菌不同毒力菌株的基因组全长范围为4.62-5.3 Mb,含有3364-3557个编码基因,菌株的系统进化群和多位点序列分型多属于A群和ST10克隆复合群。6株菌携带112-280个毒力因子基因,强毒菌株的毒力因子基因尤其是毒素基因多于弱毒菌株,且各菌株分泌系统基因的数量变异较大。此外,毒力因子基因中检测到插入缺失、移码突变和无义突变等高影响碱基变异。采用PCR验证了代表性毒力因子基因及其变异。猪源致病性大肠杆菌的毒力与基因组长度、编码基因的数量和变异相关,与GC含量、前噬菌体和CRISPR序列没有必然联系。; 吴莉丹冉雪琴牛熙黄世会李升王嘉福; 关键词：猪源致病性大肠杆菌致病力全基因组基因分型

一种大肠杆菌基因组DNA的定量检测方法及试剂盒: 本发明公开了一种大肠杆菌基因组DNA的定量检测方法及试剂盒。所述定量检测方法包括：提供大肠杆菌重组表达的原料酶；以及，将所述原料酶与探针法数字PCR反应混合液、引物探针混合液混合，之后进行PCR检测，从而实现对原料酶中大...; 杨林钱勇张惠丹

一种发酵乳糖的大肠杆菌基因组优化方法: 本发明公开了一种发酵乳糖的大肠杆菌基因组优化方法，包括以下步骤：先将原始pTargetF质粒改造为包含两个大肠杆菌基因组剪切位点的双J23119 promoter‑N20‑gRNA scaffold结构质粒，同时在质粒上...; 刘振云郭涛; 文献传递

缺口酶Cas9 D10A和Cas9 H840A在大肠杆菌基因组编辑中的应用: 2022年; 目前Ⅱ型CRISPR/Cas9工具被广泛应用于基因组编辑中,利用CRISPR/Cas9基因组编辑技术对大肠杆菌(Escherichia coli)基因组进行编辑,可应用于代谢工程及细菌耐药性等研究领域中。利用单缺口核酸酶Cas9 nickase(Cas9n)工具对宿主细胞基因进行修饰,可降低由于双链断裂对宿主带来的毒性。但目前利用CRISPR/Cas9n对大肠杆菌基因组编辑的研究较少,不利于缺口酶Cas9 D10A和Cas9 H840A在大肠杆菌基因组编辑的应用。本研究在前人报道的细菌双质粒Cas9基因编辑系统(pCas/pTarget)基础上,通过分子突变的方法构建缺口酶Cas9突变体质粒pCas-D10A和pCas-H840A,以及携带修复模板或无修复模板的靶向大肠杆菌sseA基因的质粒pTargetT-△sseA(993 bp)和pTargetT-△sseA,系统研究了两种缺口酶编辑大肠杆菌内源性基因sseA的有效性和效率。在稳定表达pCas质粒的MG1655菌株中转入携带修复模板的pTargetT-△sseA(993 bp)质粒,通过菌落PCR及DNA测序方法验证基因编辑的有效性和效率,同时用醋酸铅试纸生化方法对敲除sseA基因的菌株进行功能验证。同时,将不含修复模板的pTargetT-△sseA质粒转入含有pCas的MG1655菌株中,通过平板菌落计数检测编辑效率。实验结果表明,在有修复模板和无修复模板两种系统中,Cas9 D10A和Cas9 H840A均可以编辑大肠杆菌内源性基因sseA,两者编辑效率基本一致,但都低于Cas9-WT的编辑效率。相对于野生型Cas9、Cas9 D10A或Cas9 H840A编辑大肠杆菌基因组时具有更小的细菌毒性。本研究为后续发展大肠杆菌的基因组编辑技术提供了一定的研究基础和新的研究思路。; 韦佳妤吴方; 关键词：大肠杆菌

一种基于CRISPR-Cas的大肠杆菌基因组编辑工具: 本发明公开了一种基于CRISPR‑Cas的大肠杆菌基因组编辑工具，其包括用于表达核酸内切酶Cas9的质粒pEcCas，该质粒pEcCas包括cas9核酸酶基因、λ‑RED重组酶基因、araC蛋白基因、sacB基因、复制子...; 杨晟陈飚蒋宇孙兵兵杨俊杰; 文献传递

肠道集聚性大肠杆菌基因组脱氧核糖核酸提取方法比较与改进被引量：3: 2021年; 为了得到一种高效的肠道集聚性大肠杆菌基因组脱氧核糖核酸(DNA)提取方法,比较OMEGA、天根、宝生物、全式金4种细菌基因组DNA提取试剂盒对肠道集聚性大肠杆菌基因组DNA的提取效果,并对宝生物、全式金试剂盒提取方法进行优化;测定所提取的基因组DNA的纯度及浓度,并进行基因组完整性检验及特征基因检测。结果表明,使用全式金细菌基因组DNA提取试剂盒提取肠道集聚性大肠杆菌基因组DNA时,通过增加溶菌酶孵育时长至40 min,同时蛋白酶K的用量增加1倍,基因组DNA提取浓度可提高约14.5倍。; 杨焕蝶杨金玉陈相艳王易芬郑琳琳陈蕾蕾; 关键词：毒力基因食品检测

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